data/libstatgen-1.0.14/Doxyfile:288: penality ==> penalty data/libstatgen-1.0.14/Doxyfile:291: rougly ==> roughly data/libstatgen-1.0.14/Makefiles/Makefile.lib:18: direcotry ==> directory data/libstatgen-1.0.14/Makefiles/Makefile.include:40: wnat ==> want, what data/libstatgen-1.0.14/bam/BamIndex.h:55: specfied ==> specified data/libstatgen-1.0.14/bam/CigarHelper.cpp:296: teh ==> the data/libstatgen-1.0.14/bam/SamCoordOutput.cpp:98: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/bam/SamFile.cpp:571: ot ==> to, of, or data/libstatgen-1.0.14/bam/SamFile.cpp:583: conatain ==> contain data/libstatgen-1.0.14/bam/SamFile.h:98: determing ==> determining, determine data/libstatgen-1.0.14/bam/SamFile.h:191: everytime ==> every time data/libstatgen-1.0.14/bam/SamFile.h:200: compatable ==> compatible data/libstatgen-1.0.14/bam/SamFile.h:225: everytime ==> every time data/libstatgen-1.0.14/bam/SamFile.h:237: everytime ==> every time data/libstatgen-1.0.14/bam/SamFile.h:250: everytime ==> every time data/libstatgen-1.0.14/bam/SamFile.h:266: everytime ==> every time data/libstatgen-1.0.14/bam/SamFile.h:364: everytime ==> every time data/libstatgen-1.0.14/bam/SamFileHeader.h:396: overwritting ==> overwriting data/libstatgen-1.0.14/bam/SamQuerySeqWithRefHelper.h:44: unkown ==> unknown data/libstatgen-1.0.14/bam/SamRecord.cpp:459: occured ==> occurred data/libstatgen-1.0.14/bam/SamRecord.cpp:743: overwritting ==> overwriting data/libstatgen-1.0.14/bam/SamRecord.cpp:902: overwritting ==> overwriting data/libstatgen-1.0.14/bam/SamRecord.cpp:1004: exsists ==> exists data/libstatgen-1.0.14/bam/SamRecord.cpp:1107: exsists ==> exists data/libstatgen-1.0.14/bam/SamRecord.cpp:1662: thow ==> throw, tow data/libstatgen-1.0.14/bam/SamRecord.cpp:1783: thow ==> throw, tow data/libstatgen-1.0.14/bam/SamRecord.cpp:1807: thow ==> throw, tow data/libstatgen-1.0.14/bam/SamRecord.cpp:2105: exsists ==> exists data/libstatgen-1.0.14/bam/SamRecord.cpp:3273: overwritting ==> overwriting data/libstatgen-1.0.14/bam/SamRecord.h:554: occured ==> occurred data/libstatgen-1.0.14/bam/SamRecord.h:573: retun ==> return data/libstatgen-1.0.14/bam/SamRecord.h:579: retun ==> return data/libstatgen-1.0.14/bam/SamTags.cpp:38: determing ==> determining, determine data/libstatgen-1.0.14/bam/SamValidation.cpp:172: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/bam/SamValidation.h:32: occured ==> occurred data/libstatgen-1.0.14/bam/SamValidation.h:140: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/bam/test/TestEquals.cpp:125: charcters ==> characters data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/samTest.log:4: overwritting ==> overwriting data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/samTest.log:5: overwritting ==> overwriting data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/samTest.log:6: overwritting ==> overwriting data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/samTest.log:10: overwritting ==> overwriting data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/samTest.log:11: overwritting ==> overwriting data/libstatgen-1.0.14/fastq/BaseCount.h:49: occurences ==> occurrences data/libstatgen-1.0.14/fastq/FastQFile.cpp:445: wtih ==> with data/libstatgen-1.0.14/fastq/FastQFile.cpp:750: seperates ==> separates data/libstatgen-1.0.14/fastq/FastQFile.h:137: seperates ==> separates data/libstatgen-1.0.14/general/CharBuffer.cpp:76: lengh ==> length data/libstatgen-1.0.14/general/CharBuffer.cpp:96: lengh ==> length data/libstatgen-1.0.14/general/Cigar.cpp:357: refrerence ==> reference data/libstatgen-1.0.14/general/Cigar.h:399: occassionally ==> occasionally data/libstatgen-1.0.14/general/Cigar.h:485: delections ==> detections, deletions, selections data/libstatgen-1.0.14/general/GenomeSequence.h:328: ot ==> to, of, or data/libstatgen-1.0.14/general/GenomeSequence.h:508: postions ==> positions data/libstatgen-1.0.14/general/GreedyTupleAligner.h:45: simlicity ==> simplicity data/libstatgen-1.0.14/general/GreedyTupleAligner.h:89: serach ==> search data/libstatgen-1.0.14/general/GreedyTupleAligner.h:123: beyong ==> beyond data/libstatgen-1.0.14/general/GzipHeader.cpp:31: Desctructor ==> Destructor data/libstatgen-1.0.14/general/InplaceMerge.cpp:36: indeces ==> indices data/libstatgen-1.0.14/general/InplaceMerge.cpp:38: indeces ==> indices data/libstatgen-1.0.14/general/InplaceMerge.cpp:39: indeces ==> indices data/libstatgen-1.0.14/general/InplaceMerge.cpp:40: indeces ==> indices data/libstatgen-1.0.14/general/InplaceMerge.cpp:46: indeces ==> indices data/libstatgen-1.0.14/general/InplaceMerge.h:42: indeces ==> indices data/libstatgen-1.0.14/general/InplaceMerge.h:57: indeces ==> indices data/libstatgen-1.0.14/general/InplaceMerge.h:61: indeces ==> indices data/libstatgen-1.0.14/general/InplaceMerge.h:72: indeces ==> indices data/libstatgen-1.0.14/general/InplaceMerge.h:73: indeces ==> indices data/libstatgen-1.0.14/general/InplaceMerge.h:74: indeces ==> indices data/libstatgen-1.0.14/general/InputFile.h:673: retun ==> return data/libstatgen-1.0.14/general/IntArray.cpp:238: treshold ==> threshold data/libstatgen-1.0.14/general/IntArray.cpp:243: treshold ==> threshold data/libstatgen-1.0.14/general/IntArray.h:170: treshold ==> threshold data/libstatgen-1.0.14/general/IntArray.h:171: treshold ==> threshold data/libstatgen-1.0.14/general/MathVector.cpp:382: treshold ==> threshold data/libstatgen-1.0.14/general/MathVector.cpp:387: treshold ==> threshold data/libstatgen-1.0.14/general/MathVector.h:203: treshold ==> threshold data/libstatgen-1.0.14/general/MathVector.h:204: treshold ==> threshold data/libstatgen-1.0.14/general/MemoryMapArray.h:134: indexT ==> index, indent data/libstatgen-1.0.14/general/MemoryMapArray.h:137: indexT ==> index, indent data/libstatgen-1.0.14/general/MemoryMapArray.h:138: indexT ==> index, indent data/libstatgen-1.0.14/general/MemoryMapArray.h:139: indexT ==> index, indent data/libstatgen-1.0.14/general/MemoryMapArray.h:183: indexT ==> index, indent data/libstatgen-1.0.14/general/MemoryMapArray.h:187: indexT ==> index, indent data/libstatgen-1.0.14/general/MemoryMapArray.h:194: memebers ==> members data/libstatgen-1.0.14/general/MemoryMapArray.h:208: indexT ==> index, indent data/libstatgen-1.0.14/general/MemoryMapArray.h:250: indexT ==> index, indent data/libstatgen-1.0.14/general/MemoryMapArray.h:258: condtionally ==> conditionally data/libstatgen-1.0.14/general/MiniDeflate.h:46: ouput ==> output data/libstatgen-1.0.14/general/NonOverlapRegions.h:103: unimplimented ==> unimplemented data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:554: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:556: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:574: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:575: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:590: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:591: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:596: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:597: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:649: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:652: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:654: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:657: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:659: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:675: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:676: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:748: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:751: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:753: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:768: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:769: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:782: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:783: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:804: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:805: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:812: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:813: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:853: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp:854: mot ==> not data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.h:96: treshold ==> threshold data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreeAlleleFreq.cpp:55: treshold ==> threshold data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreeAlleleFreq.cpp:223: occuring ==> occurring data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreeAlleleFreq.cpp:251: occuring ==> occurring data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreeDescription.cpp:245: Expection ==> Exception data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreeDescription.cpp:387: fiels ==> feels, fields, files, phials data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreeFamily.h:39: preceed ==> precede, proceed data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreeLoader.cpp:149: formating ==> formatting data/libstatgen-1.0.14/general/ReferenceSequence.h:38: overidden ==> overridden data/libstatgen-1.0.14/general/STLUtilities.cpp:53: delimeter ==> delimiter data/libstatgen-1.0.14/general/STLUtilities.cpp:54: delimeter ==> delimiter data/libstatgen-1.0.14/general/STLUtilities.h:183: delimeter ==> delimiter data/libstatgen-1.0.14/general/STLUtilities.h:188: delimeter ==> delimiter data/libstatgen-1.0.14/general/STLUtilities.h:196: delimeter ==> delimiter data/libstatgen-1.0.14/general/STLUtilities.h:201: delimeter ==> delimiter data/libstatgen-1.0.14/general/STLUtilities.h:240: vairable ==> variable data/libstatgen-1.0.14/general/SmithWaterman.h:278: paramater ==> parameter data/libstatgen-1.0.14/general/SmithWaterman.h:387: indeces ==> indices data/libstatgen-1.0.14/general/SmithWaterman.h:443: accomodate ==> accommodate data/libstatgen-1.0.14/general/StringBasics.cpp:1595: convertors ==> converters data/libstatgen-1.0.14/general/Tabix.cpp:213: teh ==> the data/libstatgen-1.0.14/general/TrimSequence.h:87: interchangably ==> interchangeably data/libstatgen-1.0.14/general/Makefile:7: everthing ==> everything data/libstatgen-1.0.14/general/test/GreedyTupleAligner_test.cpp:220: hte ==> the data/libstatgen-1.0.14/general/test/STLUtilities_test.cpp:96: thi ==> the, this data/libstatgen-1.0.14/general/test/STLUtilities_test.cpp:105: thi ==> the, this data/libstatgen-1.0.14/general/test/dbsnp/testFiles/dbsnp.vcf:32: refernce ==> reference data/libstatgen-1.0.14/general/test/dbsnp/testFiles/dbsnp.vcf:58: sting ==> string data/libstatgen-1.0.14/general/test/dbsnp/testFiles/dbsnp.vcf:58: sting ==> string data/libstatgen-1.0.14/general/test/dbsnp/testFiles/dbsnp.vcf:58: sting ==> string data/libstatgen-1.0.14/general/test/string/StringTest.cpp:62: characer ==> character data/libstatgen-1.0.14/general/test/string/StringTest.cpp:97: verison ==> version data/libstatgen-1.0.14/glf/GlfException.h:52: errror ==> error data/libstatgen-1.0.14/glf/GlfFile.h:100: succes ==> success data/libstatgen-1.0.14/glf/GlfFile.h:120: compatable ==> compatible data/libstatgen-1.0.14/glf/GlfRecord.h:161: maping ==> mapping data/libstatgen-1.0.14/samtools/bgzf.c:67: speciallized ==> specialised, specialized data/libstatgen-1.0.14/samtools/bgzf.c:142: fpr ==> for, far, fps data/libstatgen-1.0.14/samtools/bgzf.c:143: fpr ==> for, far, fps data/libstatgen-1.0.14/samtools/bgzf.c:145: fpr ==> for, far, fps data/libstatgen-1.0.14/samtools/bgzf.c:175: fpr ==> for, far, fps data/libstatgen-1.0.14/samtools/bgzf.c:176: fpr ==> for, far, fps data/libstatgen-1.0.14/samtools/bgzf.c:178: fpr ==> for, far, fps data/libstatgen-1.0.14/samtools/bgzf.h:122: interpetation ==> interpretation data/libstatgen-1.0.14/samtools/bgzf.h:182: delimitor ==> delimiter data/libstatgen-1.0.14/samtools/khash.h:484: conenient ==> convenient data/libstatgen-1.0.14/samtools/knetfile.c:113: addapted ==> adapted data/libstatgen-1.0.14/samtools/knetfile.c:172: modfied ==> modified data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfFileReader.cpp:298: incrment ==> increment data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfRecord.h:135: occurances ==> occurrences data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfRecordInfo.cpp:65: Stoped ==> Stopped data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfSubsetSamples.h:42: paramater ==> parameter data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfSubsetSamples.h:56: teh ==> the data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp:2768: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp:2774: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp:2781: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp:2787: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp:2792: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp:2802: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp:2810: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp:2835: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp:2840: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp:2850: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp:2862: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp:2867: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp:2872: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp:2879: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp:2888: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp:2893: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp:2898: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp:2905: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp:2913: begining ==> beginning data/libstatgen-1.0.14/.pc/Fix_compilation_error.patch/general/Makefile:7: everthing ==> everything data/libstatgen-1.0.14/.pc/Fix_compilation_flags.patch/Makefiles/Makefile.include:40: wnat ==> want, what