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/_____/ \/ \/
grep rough audit - static analysis tool
v2.8 written by @Wireghoul
=================================[justanotherhacker.com]===
arb-6.0.6/ARBDB/adquery.cxx-1498- TEST_CI("c,b,c,b,a,a", WITH_SPLITTED("|exec(\"(sort|uniq)\")|split|dropempty"), "a,b,c");
arb-6.0.6/ARBDB/adquery.cxx:1499: TEST_CI("a,aba,cac", WITH_SPLITTED("|exec(\"perl\",-pe,s/([bc])/$1$1/g)|split|dropempty"), "a,abba,ccacc");
arb-6.0.6/ARBDB/adquery.cxx-1500-
##############################################
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arb-6.0.6/BINDINGS/PERL/Makefile:672: -e "print(qq{Executing $(CI) @all\n}); system(qq{$(CI) @all});" \
arb-6.0.6/BINDINGS/PERL/Makefile:673: -e "print(qq{Executing $(RCS_LABEL) ...\n}); system(qq{$(RCS_LABEL) @all});"
arb-6.0.6/BINDINGS/PERL/Makefile-674-
##############################################
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arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:4:myself=`dirname "$0"`/`basename "$0"`; export myself
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##############################################
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arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:17:elif [ `echo $os | grep -i linux` ]; then
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arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:39: versionbin=`"$prefix/version" | awk '{print $1}'` # for cygwin
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##############################################
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arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-695-# TMPFILE=/tmp/$progname.$$
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arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-697- if [ $? -ne 0 ]; then
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arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:699: TMPFILE=`mktemp -d /tmp/$progname.XXXXXXXXXX`
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-700- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-741- fi
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:742: seednseq=$seednseq" "`grep -c '^[>|=]' $TMPFILE/seed$#`
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-743- seedfilesintmp=$seedfilesintmp" "seed$#
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##############################################
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arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:772: numthreads=`expr $ncoresinacpu '*' $nphysicalcpu`
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-773-# if [ $nlogicalcore -gt $numthreads ]; then # Hyperthreading
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:774:# numthreads=`expr $numthreads '+' 1`
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-775-# fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-786-# if [ $nlogicalcore -gt $numthreads ]; then # Hyperthreading
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:787:# numthreads=`expr $numthreads '+' 1`
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-788-# fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-814- "$prefix/countlen" < $TMPFILE/_addfile > $TMPFILE/addsize 2>>"$progressfile"
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:815: nadd=`awk '{print $1}' $TMPFILE/addsize`
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-816- if [ $nadd -eq "0" ]; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-830- "$prefix/countlen" < $TMPFILE/infile > $TMPFILE/size 2>>"$progressfile"
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:831: nseq=`awk '{print $1}' $TMPFILE/size`
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:832: nlen=`awk '{print $3}' $TMPFILE/size`
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-833- if [ $nlen -lt 2000 -a $nseq -lt 100 ]; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-863- if [ $fragment -ne 0 ]; then
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:864: norg=`expr $nseq '-' $nadd`
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:865: npair=`expr $norg '*' $nadd`
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-866- echo "nadd = " $nadd 1>>"$progressfile"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-924-# echo "" 1>&2
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:925:# echo " Usage: `basename $0` [options] inputfile > outputfile" 1>&2
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-926- echo " http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/" 1>&2
##############################################
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-1164-
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:1165: formatcheck=`grep -c '^[[:blank:]]\+>' $TMPFILE/infile | head -1 `
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-1166- if [ $formatcheck -gt 0 ]; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-1173-
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:1174: nseq=`grep -c '^[>|=]' $TMPFILE/infile | head -1 `
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-1175- if [ $nseq -eq 2 ]; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-1368- fi
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:1369:# if [ `echo "$weighti>0.0" | bc` -gt 0 ]; then
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:1370: if [ `awk "BEGIN {print($weighti>0.0)}"` -gt 0 ]; then
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-1371- strategy=$strategy"I"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-1506-# echo "$1"
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:1507: seedoffset=`expr $seedoffset + $1`
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-1508-# echo "$1"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-1696- fi
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:1697: cycle=`expr $cycle - 1`
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-1698- done
##############################################
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-1811-
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:1812:tmpawk=`which nawk 2>/dev/null | awk '{print $1}'`
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-1813-if [ -x "$tmpawk" ]; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-1816-
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl:1817:tmpawk=`which gawk 2>/dev/null | awk '{print $1}'`
arb-6.0.6/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/mafft.tmpl-1818-if [ -x "$tmpawk" ]; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/MUSCLE/src/intmath.h-74- int Z = (z); \
arb-6.0.6/GDE/MUSCLE/src/intmath.h:75: _asm mov eax,X \
arb-6.0.6/GDE/MUSCLE/src/intmath.h:76: _asm imul Y \
arb-6.0.6/GDE/MUSCLE/src/intmath.h:77: _asm mov ecx,Z \
arb-6.0.6/GDE/MUSCLE/src/intmath.h:78: _asm idiv ecx \
arb-6.0.6/GDE/MUSCLE/src/intmath.h:79: _asm mov Result,eax \
arb-6.0.6/GDE/MUSCLE/src/intmath.h-80- }
##############################################
arb-6.0.6/GDE/MUSCLE/src/timing.h-7- {
arb-6.0.6/GDE/MUSCLE/src/timing.h:8: _asm
arb-6.0.6/GDE/MUSCLE/src/timing.h-9- {
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-110- while test -n "$$dir1"; do \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in:111: first=`echo "$$dir1" | sed -e "$$sed_first"`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-112- if test "$$first" != "."; then \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-113- if test "$$first" = ".."; then \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in:114: dir2=`echo "$$dir0" | sed -e "$$sed_last"`/"$$dir2"; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in:115: dir0=`echo "$$dir0" | sed -e "$$sed_butlast"`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-116- else \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in:117: first2=`echo "$$dir2" | sed -e "$$sed_first"`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-118- if test "$$first2" = "$$first"; then \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in:119: dir2=`echo "$$dir2" | sed -e "$$sed_rest"`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-120- else \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-125- fi; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in:126: dir1=`echo "$$dir1" | sed -e "$$sed_rest"`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-127- done; \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-303- dot_seen=no; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in:304: target=`echo $@ | sed s/-recursive//`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-305- list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-338- rev="$$rev ."; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in:339: target=`echo $@ | sed s/-recursive//`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-340- for subdir in $$rev; do \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-416-GTAGS:
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in:417: here=`$(am__cd) $(top_builddir) && pwd` \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-418- && $(am__cd) $(top_srcdir) \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-426- test -d "$(distdir)" || mkdir "$(distdir)"
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in:427: @srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in:428: topsrcdirstrip=`echo "$(top_srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-429- list='$(DISTFILES)'; \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-440- if test -d $$d/$$file; then \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in:441: dir=`echo "/$$file" | sed -e 's,/[^/]*$$,,'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-442- if test -d "$(distdir)/$$file"; then \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-551- test -d $(distdir)/_build || exit 0; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in:552: dc_install_base=`$(am__cd) $(distdir)/_inst && pwd | sed -e 's,^[^:\\/]:[\\/],/,'` \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-553- && dc_destdir="$${TMPDIR-/tmp}/am-dc-$$$$/" \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-594- }; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in:595: test `$(am__distuninstallcheck_listfiles) | wc -l` -eq 0 \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-596- || { echo "ERROR: files left after uninstall:" ; \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-606- fi
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in:607: @test `$(distcleancheck_listfiles) | wc -l` -eq 0 \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/Makefile.in-608- || { echo "ERROR: files left in build directory after distclean:" ; \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-73-# $ac_aux_dir to `$srcdir/foo'. In other projects, it is set to
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4:74:# `$srcdir', `$srcdir/..', or `$srcdir/../..'.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-75-#
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-97-# iff we strip the leading $srcdir from $ac_aux_dir. That would be:
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4:98:# am_aux_dir='\$(top_srcdir)/'`expr "$ac_aux_dir" : "$srcdir//*\(.*\)"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-99-# and then we would define $MISSING as
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-113-# expand $ac_aux_dir to an absolute path
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4:114:am_aux_dir=`cd $ac_aux_dir && pwd`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-115-])
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-215- if test "$am_compiler_list" = ""; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4:216: am_compiler_list=`sed -n ['s/^#*\([a-zA-Z0-9]*\))$/\1/p'] < ./depcomp`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-217- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-364- # Strip MF so we end up with the name of the file.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4:365: mf=`echo "$mf" | sed -e 's/:.*$//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-366- # Check whether this is an Automake generated Makefile or not.
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-373- if sed -n 's,^#.*generated by automake.*,X,p' "$mf" | grep X >/dev/null 2>&1; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4:374: dirpart=`AS_DIRNAME("$mf")`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-375- else
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-379- # from the Makefile without running `make'.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4:380: DEPDIR=`sed -n 's/^DEPDIR = //p' < "$mf"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-381- test -z "$DEPDIR" && continue
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4:382: am__include=`sed -n 's/^am__include = //p' < "$mf"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-383- test -z "am__include" && continue
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4:384: am__quote=`sed -n 's/^am__quote = //p' < "$mf"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-385- # When using ansi2knr, U may be empty or an underscore; expand it
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4:386: U=`sed -n 's/^U = //p' < "$mf"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-387- # Find all dependency output files, they are included files with
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-395- test -f "$dirpart/$file" && continue
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4:396: fdir=`AS_DIRNAME(["$file"])`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-397- AS_MKDIR_P([$dirpart/$fdir])
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-450-AC_REQUIRE([AC_PROG_INSTALL])dnl
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4:451:if test "`cd $srcdir && pwd`" != "`pwd`"; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-452- # Use -I$(srcdir) only when $(srcdir) != ., so that make's output
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-552- * )
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4:553: _am_stamp_count=`expr $_am_stamp_count + 1` ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-554- esac
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-555-done
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4:556:echo "timestamp for $_am_arg" >`AS_DIRNAME(["$_am_arg"])`/stamp-h[]$_am_stamp_count])
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-557-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-630-# Ignore all kinds of additional output from `make'.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4:631:case `$am_make -s -f confmf 2> /dev/null` in #(
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-632-*the\ am__doit\ target*)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-640- echo '.include "confinc"' > confmf
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4:641: case `$am_make -s -f confmf 2> /dev/null` in #(
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-642- *the\ am__doit\ target*)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-797-if (
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4:798: set X `ls -Lt "$srcdir/configure" conftest.file 2> /dev/null`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-799- if test "$[*]" = "X"; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-800- # -L didn't work.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4:801: set X `ls -t "$srcdir/configure" conftest.file`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-802- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-865-if test $am_cv_make_support_nested_variables = yes; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4:866: dnl Using `$V' instead of `$(V)' breaks IRIX make.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/aclocal.m4-867- AM_V='$(V)'
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-38-
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:39:me=`echo "$0" | sed -e 's,.*/,,'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-40-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-108-: ${TMPDIR=/tmp} ;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:109: { tmp=`(umask 077 && mktemp -d "$TMPDIR/cgXXXXXX") 2>/dev/null` && test -n "$tmp" && test -d "$tmp" ; } ||
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-110- { test -n "$RANDOM" && tmp=$TMPDIR/cg$$-$RANDOM && (umask 077 && mkdir $tmp) ; } ||
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-194- *)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:195: release=`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[-_].*/\./'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-196- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-221- *4.0)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:222: UNAME_RELEASE=`/usr/sbin/sizer -v | awk '{print $3}'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-223- ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-224- *5.*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:225: UNAME_RELEASE=`/usr/sbin/sizer -v | awk '{print $4}'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-226- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-231- # types through head -n 1, so we only detect the type of CPU 0.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:232: ALPHA_CPU_TYPE=`/usr/sbin/psrinfo -v | sed -n -e 's/^ The alpha \(.*\) processor.*$/\1/p' | head -n 1`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-233- case "$ALPHA_CPU_TYPE" in
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-269- # 1.2 uses "1.2" for uname -r.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:270: echo ${UNAME_MACHINE}-dec-osf`echo ${UNAME_RELEASE} | sed -e 's/^[PVTX]//' | tr 'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ' 'abcdefghijklmnopqrstuvwxyz'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-271- # Reset EXIT trap before exiting to avoid spurious non-zero exit code.
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-329- s390x:SunOS:*:*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:330: echo ${UNAME_MACHINE}-ibm-solaris2`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[^.]*//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-331- exit ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-332- sun4H:SunOS:5.*:*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:333: echo sparc-hal-solaris2`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[^.]*//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-334- exit ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-335- sun4*:SunOS:5.*:* | tadpole*:SunOS:5.*:*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:336: echo sparc-sun-solaris2`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[^.]*//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-337- exit ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-354- fi
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:355: echo ${SUN_ARCH}-pc-solaris2`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[^.]*//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-356- exit ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-360- # it's likely to be more like Solaris than SunOS4.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:361: echo sparc-sun-solaris3`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[^.]*//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-362- exit ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-369- # Japanese Language versions have a version number like `4.1.3-JL'.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:370: echo sparc-sun-sunos`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/-/_/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-371- exit ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-375- sun*:*:4.2BSD:*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:376: UNAME_RELEASE=`(sed 1q /etc/motd | awk '{print substr($5,1,3)}') 2>/dev/null`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-377- test "x${UNAME_RELEASE}" = "x" && UNAME_RELEASE=3
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-457- $CC_FOR_BUILD -o $dummy $dummy.c &&
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:458: dummyarg=`echo "${UNAME_RELEASE}" | sed -n 's/\([0-9]*\).*/\1/p'` &&
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:459: SYSTEM_NAME=`$dummy $dummyarg` &&
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-460- { echo "$SYSTEM_NAME"; exit; }
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-513- *:IRIX*:*:*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:514: echo mips-sgi-irix`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/-/_/g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-515- exit ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-543-EOF
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:544: if $CC_FOR_BUILD -o $dummy $dummy.c && SYSTEM_NAME=`$dummy`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-545- then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-556- *:AIX:*:[4567])
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:557: IBM_CPU_ID=`/usr/sbin/lsdev -C -c processor -S available | sed 1q | awk '{ print $1 }'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-558- if /usr/sbin/lsattr -El ${IBM_CPU_ID} | grep ' POWER' >/dev/null 2>&1; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-591- 9000/[34678]??:HP-UX:*:*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:592: HPUX_REV=`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[^.]*.[0B]*//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-593- case "${UNAME_MACHINE}" in
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-645-EOF
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:646: (CCOPTS= $CC_FOR_BUILD -o $dummy $dummy.c 2>/dev/null) && HP_ARCH=`$dummy`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-647- test -z "$HP_ARCH" && HP_ARCH=hppa
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-673- ia64:HP-UX:*:*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:674: HPUX_REV=`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[^.]*.[0B]*//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-675- echo ia64-hp-hpux${HPUX_REV}
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-703-EOF
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:704: $CC_FOR_BUILD -o $dummy $dummy.c && SYSTEM_NAME=`$dummy` &&
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-705- { echo "$SYSTEM_NAME"; exit; }
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-774- FUJITSU_SYS=`uname -p | tr 'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ' 'abcdefghijklmnopqrstuvwxyz' | sed -e 's/\///'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:775: FUJITSU_REL=`echo ${UNAME_RELEASE} | sed -e 's/ /_/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-776- echo "${FUJITSU_PROC}-fujitsu-${FUJITSU_SYS}${FUJITSU_REL}"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-779- FUJITSU_SYS=`uname -p | tr 'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ' 'abcdefghijklmnopqrstuvwxyz' | sed -e 's/\///'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:780: FUJITSU_REL=`echo ${UNAME_RELEASE} | tr 'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ' 'abcdefghijklmnopqrstuvwxyz' | sed -e 's/ /_/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-781- echo "sparc-fujitsu-${FUJITSU_SYS}${FUJITSU_REL}"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-795- amd64)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:796: echo x86_64-unknown-freebsd`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[-(].*//'` ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-797- *)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:798: echo ${UNAME_PROCESSOR}-unknown-freebsd`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[-(].*//'` ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-799- esac
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-850- prep*:SunOS:5.*:*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:851: echo powerpcle-unknown-solaris2`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[^.]*//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-852- exit ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-854- # the GNU system
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:855: echo `echo ${UNAME_MACHINE}|sed -e 's,[-/].*$,,'`-unknown-gnu`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's,/.*$,,'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-856- exit ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-858- # other systems with GNU libc and userland
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:859: echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-`echo ${UNAME_SYSTEM} | sed 's,^[^/]*/,,' | tr '[A-Z]' '[a-z]'``echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[-(].*//'`-gnu
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-860- exit ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-923-EOF
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:924: eval `$CC_FOR_BUILD -E $dummy.c 2>/dev/null | grep '^LIBC'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-925- echo "${UNAME_MACHINE}-pc-linux-${LIBC}"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-951-EOF
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:952: eval `$CC_FOR_BUILD -E $dummy.c 2>/dev/null | grep '^CPU'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-953- test x"${CPU}" != x && { echo "${CPU}-unknown-linux-gnu"; exit; }
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-1036- i*86:*:4.*:* | i*86:SYSTEM_V:4.*:*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:1037: UNAME_REL=`echo ${UNAME_RELEASE} | sed 's/\/MP$//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-1038- if grep Novell /usr/include/link.h >/dev/null 2>/dev/null; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-1306- *:DragonFly:*:*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:1307: echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-dragonfly`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[-(].*//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-1308- exit ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-1319- i*86:skyos:*:*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:1320: echo ${UNAME_MACHINE}-pc-skyos`echo ${UNAME_RELEASE}` | sed -e 's/ .*$//'
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-1321- exit ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-1450-
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess:1451:$CC_FOR_BUILD -o $dummy $dummy.c 2>/dev/null && SYSTEM_NAME=`$dummy` &&
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.guess-1452- { echo "$SYSTEM_NAME"; exit; }
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-57-
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:58:me=`echo "$0" | sed -e 's,.*/,,'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-59-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-122-# Here we must recognize all the valid KERNEL-OS combinations.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:123:maybe_os=`echo $1 | sed 's/^\(.*\)-\([^-]*-[^-]*\)$/\2/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-124-case $maybe_os in
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-130- os=-$maybe_os
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:131: basic_machine=`echo $1 | sed 's/^\(.*\)-\([^-]*-[^-]*\)$/\1/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-132- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-134- os=-linux-android
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:135: basic_machine=`echo $1 | sed 's/^\(.*\)-\([^-]*-[^-]*\)$/\1/'`-unknown
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-136- ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-137- *)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:138: basic_machine=`echo $1 | sed 's/-[^-]*$//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-139- if [ $basic_machine != $1 ]
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:140: then os=`echo $1 | sed 's/.*-/-/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-141- else os=; fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-188- os=-sco5v6
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:189: basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-190- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-192- os=-sco3.2v5
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:193: basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-194- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-196- os=-sco3.2v4
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:197: basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-198- ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-199- -sco3.2.[4-9]*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:200: os=`echo $os | sed -e 's/sco3.2./sco3.2v/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:201: basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-202- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-204- # Don't forget version if it is 3.2v4 or newer.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:205: basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-206- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-208- # Don't forget version if it is 3.2v4 or newer.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:209: basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-210- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-212- os=-sco3.2v2
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:213: basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-214- ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-215- -udk*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:216: basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-217- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-219- os=-isc2.2
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:220: basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-221- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-225- -isc*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:226: basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-227- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-237- -ptx*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:238: basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-sequent/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-239- ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-240- -windowsnt*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:241: os=`echo $os | sed -e 's/windowsnt/winnt/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-242- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-363- *-*-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:364: echo Invalid configuration \`$1\': machine \`$basic_machine\' not recognized 1>&2
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-365- exit 1
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-481- amd64-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:482: basic_machine=x86_64-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-483- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-523- blackfin-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:524: basic_machine=bfin-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-525- os=-linux
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-531- c54x-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:532: basic_machine=tic54x-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-533- ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-534- c55x-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:535: basic_machine=tic55x-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-536- ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-537- c6x-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:538: basic_machine=tic6x-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-539- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-734- i*86v32)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:735: basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86.*/86-pc/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-736- os=-sysv32
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-738- i*86v4*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:739: basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86.*/86-pc/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-740- os=-sysv4
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-742- i*86v)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:743: basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86.*/86-pc/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-744- os=-sysv
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-746- i*86sol2)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:747: basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86.*/86-pc/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-748- os=-solaris2
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-776- m68knommu-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:777: basic_machine=m68k-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-778- os=-linux
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-809- mips3*-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:810: basic_machine=`echo $basic_machine | sed -e 's/mips3/mips64/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-811- ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-812- mips3*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:813: basic_machine=`echo $basic_machine | sed -e 's/mips3/mips64/'`-unknown
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-814- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-827- ms1-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:828: basic_machine=`echo $basic_machine | sed -e 's/ms1-/mt-/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-829- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-946- parisc-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:947: basic_machine=hppa-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-948- os=-linux
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-962- pc98-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:963: basic_machine=i386-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-964- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-977- pentium-* | p5-* | k5-* | k6-* | nexgen-* | viac3-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:978: basic_machine=i586-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-979- ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-980- pentiumpro-* | p6-* | 6x86-* | athlon-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:981: basic_machine=i686-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-982- ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-983- pentiumii-* | pentium2-* | pentiumiii-* | pentium3-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:984: basic_machine=i686-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-985- ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-986- pentium4-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:987: basic_machine=i786-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-988- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-996- ppc-* | ppcbe-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:997: basic_machine=powerpc-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-998- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1002- ppcle-* | powerpclittle-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:1003: basic_machine=powerpcle-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1004- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1006- ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:1007: ppc64-*) basic_machine=powerpc64-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1008- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1012- ppc64le-* | powerpc64little-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:1013: basic_machine=powerpc64le-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1014- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1091- strongarm-* | thumb-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:1092: basic_machine=arm-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1093- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1221- xscale-* | xscalee[bl]-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:1222: basic_machine=`echo $basic_machine | sed 's/^xscale/arm/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1223- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1298- *)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:1299: echo Invalid configuration \`$1\': machine \`$basic_machine\' not recognized 1>&2
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1300- exit 1
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1306- *-digital*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:1307: basic_machine=`echo $basic_machine | sed 's/digital.*/dec/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1308- ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1309- *-commodore*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:1310: basic_machine=`echo $basic_machine | sed 's/commodore.*/cbm/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1311- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1327- -solaris1 | -solaris1.*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:1328: os=`echo $os | sed -e 's|solaris1|sunos4|'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1329- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1339- -gnu/linux*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:1340: os=`echo $os | sed -e 's|gnu/linux|linux-gnu|'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1341- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1385- -nto*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:1386: os=`echo $os | sed -e 's|nto|nto-qnx|'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1387- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1392- -mac*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:1393: os=`echo $os | sed -e 's|mac|macos|'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1394- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1398- -linux*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:1399: os=`echo $os | sed -e 's|linux|linux-gnu|'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1400- ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1401- -sunos5*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:1402: os=`echo $os | sed -e 's|sunos5|solaris2|'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1403- ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1404- -sunos6*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:1405: os=`echo $os | sed -e 's|sunos6|solaris3|'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1406- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1453- -sinix5.*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:1454: os=`echo $os | sed -e 's|sinix|sysv|'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1455- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1509- # Get rid of the `-' at the beginning of $os.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:1510: os=`echo $os | sed 's/[^-]*-//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:1511: echo Invalid configuration \`$1\': system \`$os\' not recognized 1>&2
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1512- exit 1
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1769- esac
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub:1770: basic_machine=`echo $basic_machine | sed "s/unknown/$vendor/"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/config.sub-1771- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-45-if test -z "$BASH_VERSION$ZSH_VERSION" \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:46: && (test "X`print -r -- $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-47- as_echo='print -r --'
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-48- as_echo_n='print -rn --'
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:49:elif (test "X`printf %s $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-50- as_echo='printf %s\n'
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-52-else
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:53: if test "X`(/usr/ucb/echo -n -n $as_echo) 2>/dev/null`" = "X-n $as_echo"; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-54- as_echo_body='eval /usr/ucb/echo -n "$1$as_nl"'
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-62- expr "X$arg" : "X\\(.*\\)$as_nl";
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:63: arg=`expr "X$arg" : ".*$as_nl\\(.*\\)"`;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-64- esac;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-199- eval 'test \"x\$as_lineno_1'\$as_run'\" != \"x\$as_lineno_2'\$as_run'\" &&
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:200: test \"x\`expr \$as_lineno_1'\$as_run' + 1\`\" = \"x\$as_lineno_2'\$as_run'\"' || exit 1
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-201-test \$(( 1 + 1 )) = 2 || exit 1"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-327- case $as_dir in #(
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:328: *\'*) as_qdir=`$as_echo "$as_dir" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; #'(
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-329- *) as_qdir=$as_dir;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-400- {
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:401: as_val=`expr "$@" || test $? -eq 1`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-402- }
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-407-# ----------------------------------------
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:408:# Output "`basename $0`: error: ERROR" to stderr. If LINENO and LOG_FD are
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-409-# provided, also output the error to LOG_FD, referencing LINENO. Then exit the
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-470- eval 'test "x$as_lineno_1'$as_run'" != "x$as_lineno_2'$as_run'" &&
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:471: test "x`expr $as_lineno_1'$as_run' + 1`" = "x$as_lineno_2'$as_run'"' || {
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-472- # Blame Lee E. McMahon (1931-1989) for sed's syntax. :-)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-844- case $ac_option in
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:845: *=?*) ac_optarg=`expr "X$ac_option" : '[^=]*=\(.*\)'` ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-846- *=) ac_optarg= ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-888- -disable-* | --disable-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:889: ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*disable-\(.*\)'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-890- # Reject names that are not valid shell variable names.
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-893- ac_useropt_orig=$ac_useropt
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:894: ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-895- case $ac_user_opts in
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-914- -enable-* | --enable-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:915: ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*enable-\([^=]*\)'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-916- # Reject names that are not valid shell variable names.
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-919- ac_useropt_orig=$ac_useropt
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:920: ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-921- case $ac_user_opts in
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1118- -with-* | --with-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:1119: ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*with-\([^=]*\)'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1120- # Reject names that are not valid shell variable names.
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1123- ac_useropt_orig=$ac_useropt
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:1124: ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1125- case $ac_user_opts in
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1134- -without-* | --without-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:1135: ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*without-\(.*\)'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1136- # Reject names that are not valid shell variable names.
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1139- ac_useropt_orig=$ac_useropt
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:1140: ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1141- case $ac_user_opts in
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1172- *=*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:1173: ac_envvar=`expr "x$ac_option" : 'x\([^=]*\)='`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1174- # Reject names that are not valid shell variable names.
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1193-if test -n "$ac_prev"; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:1194: ac_option=--`echo $ac_prev | sed 's/_/-/g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1195- as_fn_error $? "missing argument to $ac_option"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1215- */ )
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:1216: ac_val=`expr "X$ac_val" : 'X\(.*[^/]\)' \| "X$ac_val" : 'X\(.*\)'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1217- eval $ac_var=\$ac_val;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1250-ac_ls_di=`ls -di .` &&
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:1251:ac_pwd_ls_di=`cd "$ac_pwd" && ls -di .` ||
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1252- as_fn_error $? "working directory cannot be determined"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1306-case $srcdir in
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:1307:*/) srcdir=`expr "X$srcdir" : 'X\(.*[^/]\)' \| "X$srcdir" : 'X\(.*\)'`;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1308-esac
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1349-By default, \`make install' will install all the files in
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:1350:\`$ac_default_prefix/bin', \`$ac_default_prefix/lib' etc. You can specify
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:1351:an installation prefix other than \`$ac_default_prefix' using \`--prefix',
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1352-for instance \`--prefix=\$HOME'.
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1452-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:1453: ac_dir_suffix=/`$as_echo "$ac_dir" | sed 's|^\.[\\/]||'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1454- # A ".." for each directory in $ac_dir_suffix.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:1455: ac_top_builddir_sub=`$as_echo "$ac_dir_suffix" | sed 's|/[^\\/]*|/..|g;s|/||'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1456- case $ac_top_builddir_sub in
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1994- *\'*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:1995: ac_arg=`$as_echo "$ac_arg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-1996- esac
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2077- case $ac_val in
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2078: *\'\''*) ac_val=`$as_echo "$ac_val" | sed "s/'\''/'\''\\\\\\\\'\'''\''/g"`;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2079- esac
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2092- case $ac_val in
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2093: *\'\''*) ac_val=`$as_echo "$ac_val" | sed "s/'\''/'\''\\\\\\\\'\'''\''/g"`;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2094- esac
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2212- set,)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2213: { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: \`$ac_var' was set to \`$ac_old_val' in the previous run" >&5
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2214:$as_echo "$as_me: error: \`$ac_var' was set to \`$ac_old_val' in the previous run" >&2;}
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2215- ac_cache_corrupted=: ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2223- # differences in whitespace do not lead to failure.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2224: ac_old_val_w=`echo x $ac_old_val`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2225: ac_new_val_w=`echo x $ac_new_val`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2226- if test "$ac_old_val_w" != "$ac_new_val_w"; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2243- case $ac_new_val in
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2244: *\'*) ac_arg=$ac_var=`$as_echo "$ac_new_val" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2245- *) ac_arg=$ac_var=$ac_new_val ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2418-if (
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2419: set X `ls -Lt "$srcdir/configure" conftest.file 2> /dev/null`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2420- if test "$*" = "X"; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2421- # -L didn't work.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2422: set X `ls -t "$srcdir/configure" conftest.file`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2423- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2454-ac_script='s/[\\$]/&&/g;s/;s,x,x,$//'
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2455:program_transform_name=`$as_echo "$program_transform_name" | sed "$ac_script"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2456-
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2457-# expand $ac_aux_dir to an absolute path
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2458:am_aux_dir=`cd $ac_aux_dir && pwd`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2459-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2599- as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" || continue
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2600: case `"$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" --version 2>&1` in #(
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2601- 'mkdir (GNU coreutils) '* | \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2678-set x ${MAKE-make}
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2679:ac_make=`$as_echo "$2" | sed 's/+/p/g; s/[^a-zA-Z0-9_]/_/g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2680-if eval \${ac_cv_prog_make_${ac_make}_set+:} false; then :
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2688-# GNU make sometimes prints "make[1]: Entering ...", which would confuse us.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2689:case `${MAKE-make} -f conftest.make 2>/dev/null` in
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2690- *@@@%%%=?*=@@@%%%*)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2715-
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2716:if test "`cd $srcdir && pwd`" != "`pwd`"; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2717- # Use -I$(srcdir) only when $(srcdir) != ., so that make's output
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2828-
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2829:if test "`cd $srcdir && pwd`" != "`pwd`"; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2830- # Use -I$(srcdir) only when $(srcdir) != ., so that make's output
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2901-test "x$ac_build_alias" = x &&
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2902: ac_build_alias=`$SHELL "$ac_aux_dir/config.guess"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2903-test "x$ac_build_alias" = x &&
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2904- as_fn_error $? "cannot guess build type; you must specify one" "$LINENO" 5
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2905:ac_cv_build=`$SHELL "$ac_aux_dir/config.sub" $ac_build_alias` ||
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2906- as_fn_error $? "$SHELL $ac_aux_dir/config.sub $ac_build_alias failed" "$LINENO" 5
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2925-IFS=$ac_save_IFS
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2926:case $build_os in *\ *) build_os=`echo "$build_os" | sed 's/ /-/g'`;; esac
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2927-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2936-else
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2937: ac_cv_host=`$SHELL "$ac_aux_dir/config.sub" $host_alias` ||
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2938- as_fn_error $? "$SHELL $ac_aux_dir/config.sub $host_alias failed" "$LINENO" 5
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2958-IFS=$ac_save_IFS
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:2959:case $host_os in *\ *) host_os=`echo "$host_os" | sed 's/ /-/g'`;; esac
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-2960-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-3116-$as_echo_n "checking whether the C compiler works... " >&6; }
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:3117:ac_link_default=`$as_echo "$ac_link" | sed 's/ -o *conftest[^ ]*//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-3118-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-3160- then :; else
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:3161: ac_cv_exeext=`expr "$ac_file" : '[^.]*\(\..*\)'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-3162- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-3220- *.$ac_ext | *.xcoff | *.tds | *.d | *.pdb | *.xSYM | *.bb | *.bbg | *.map | *.inf | *.dSYM | *.o | *.obj ) ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:3221: *.* ) ac_cv_exeext=`expr "$ac_file" : '[^.]*\(\..*\)'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-3222- break;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-3329- *.$ac_ext | *.xcoff | *.tds | *.d | *.pdb | *.xSYM | *.bb | *.bbg | *.map | *.inf | *.dSYM ) ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:3330: *) ac_cv_objext=`expr "$ac_file" : '.*\.\(.*\)'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-3331- break;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-3578-# Ignore all kinds of additional output from `make'.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:3579:case `$am_make -s -f confmf 2> /dev/null` in #(
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-3580-*the\ am__doit\ target*)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-3588- echo '.include "confinc"' > confmf
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:3589: case `$am_make -s -f confmf 2> /dev/null` in #(
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-3590- *the\ am__doit\ target*)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-3651- if test "$am_compiler_list" = ""; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:3652: am_compiler_list=`sed -n 's/^#*\([a-zA-Z0-9]*\))$/\1/p' < ./depcomp`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-3653- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-3779- if test "$am_compiler_list" = ""; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:3780: am_compiler_list=`sed -n 's/^#*\([a-zA-Z0-9]*\))$/\1/p' < ./depcomp`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-3781- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-4085- # Check for GNU $ac_path_GREP
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:4086:case `"$ac_path_GREP" --version 2>&1` in
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-4087-*GNU*)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-4151- # Check for GNU $ac_path_EGREP
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:4152:case `"$ac_path_EGREP" --version 2>&1` in
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-4153-*GNU*)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-4312-do :
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:4313: as_ac_Header=`$as_echo "ac_cv_header_$ac_header" | $as_tr_sh`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-4314-ac_fn_c_check_header_compile "$LINENO" "$ac_header" "$as_ac_Header" "$ac_includes_default
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-4317- cat >>confdefs.h <<_ACEOF
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:4318:#define `$as_echo "HAVE_$ac_header" | $as_tr_cpp` 1
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-4319-_ACEOF
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-4327-do :
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:4328: as_ac_Header=`$as_echo "ac_cv_header_$ac_header" | $as_tr_sh`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-4329-ac_fn_c_check_header_mongrel "$LINENO" "$ac_header" "$as_ac_Header" "$ac_includes_default"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-4331- cat >>confdefs.h <<_ACEOF
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:4332:#define `$as_echo "HAVE_$ac_header" | $as_tr_cpp` 1
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-4333-_ACEOF
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-4742-do :
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:4743: as_ac_var=`$as_echo "ac_cv_func_$ac_func" | $as_tr_sh`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-4744-ac_fn_c_check_func "$LINENO" "$ac_func" "$as_ac_var"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-4746- cat >>confdefs.h <<_ACEOF
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:4747:#define `$as_echo "HAVE_$ac_func" | $as_tr_cpp` 1
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-4748-_ACEOF
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5201- ac_script='s/\$U\././;s/\.o$//;s/\.obj$//'
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:5202: ac_i=`$as_echo "$ac_i" | sed "$ac_script"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5203- # 2. Prepend LIBOBJDIR. When used with automake>=1.10 LIBOBJDIR
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5352-if test -z "$BASH_VERSION$ZSH_VERSION" \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:5353: && (test "X`print -r -- $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5354- as_echo='print -r --'
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5355- as_echo_n='print -rn --'
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:5356:elif (test "X`printf %s $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5357- as_echo='printf %s\n'
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5359-else
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:5360: if test "X`(/usr/ucb/echo -n -n $as_echo) 2>/dev/null`" = "X-n $as_echo"; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5361- as_echo_body='eval /usr/ucb/echo -n "$1$as_nl"'
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5369- expr "X$arg" : "X\\(.*\\)$as_nl";
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:5370: arg=`expr "X$arg" : ".*$as_nl\\(.*\\)"`;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5371- esac;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5446-# ----------------------------------------
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:5447:# Output "`basename $0`: error: ERROR" to stderr. If LINENO and LOG_FD are
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5448-# provided, also output the error to LOG_FD, referencing LINENO. Then exit the
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5518- {
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:5519: as_val=`expr "$@" || test $? -eq 1`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5520- }
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5622- case $as_dir in #(
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:5623: *\'*) as_qdir=`$as_echo "$as_dir" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; #'(
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5624- *) as_qdir=$as_dir;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5757-cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:5758:ac_cs_config="`$as_echo "$ac_configure_args" | sed 's/^ //; s/[\\""\`\$]/\\\\&/g'`"
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5759-ac_cs_version="\\
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5782- --*=?*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:5783: ac_option=`expr "X$1" : 'X\([^=]*\)='`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:5784: ac_optarg=`expr "X$1" : 'X[^=]*=\(.*\)'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5785- ac_shift=:
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5787- --*=)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:5788: ac_option=`expr "X$1" : 'X\([^=]*\)='`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5789- ac_optarg=
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5811- case $ac_optarg in
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:5812: *\'*) ac_optarg=`$as_echo "$ac_optarg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5813- '') as_fn_error $? "missing file argument" ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5819- case $ac_optarg in
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:5820: *\'*) ac_optarg=`$as_echo "$ac_optarg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5821- esac
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5949-fi
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:5950:ac_cs_awk_cr=`$AWK 'BEGIN { print "a\rb" }' </dev/null 2>/dev/null`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5951-if test "$ac_cs_awk_cr" = "a${ac_cr}b"; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5966- as_fn_error $? "could not make $CONFIG_STATUS" "$LINENO" 5
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:5967:ac_delim_num=`echo "$ac_subst_vars" | grep -c '^'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5968-ac_delim='%!_!# '
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5972-
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:5973: ac_delim_n=`sed -n "s/.*$ac_delim\$/X/p" conf$$subs.awk | grep -c X`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-5974- if test $ac_delim_n = $ac_delim_num; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6110-for ac_last_try in false false :; do
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:6111: ac_tt=`sed -n "/$ac_delim/p" confdefs.h`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6112- if test -z "$ac_tt"; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6242- esac
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:6243: case $ac_f in *\'*) ac_f=`$as_echo "$ac_f" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; esac
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6244- as_fn_append ac_file_inputs " '$ac_f'"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6301-*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:6302: ac_dir_suffix=/`$as_echo "$ac_dir" | sed 's|^\.[\\/]||'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6303- # A ".." for each directory in $ac_dir_suffix.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:6304: ac_top_builddir_sub=`$as_echo "$ac_dir_suffix" | sed 's|/[^\\/]*|/..|g;s|/||'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6305- case $ac_top_builddir_sub in
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6362-/@mandir@/p'
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:6363:case `eval "sed -n \"\$ac_sed_dataroot\" $ac_file_inputs"` in
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6364-*datarootdir*) ac_datarootdir_seen=yes;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6379-
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:6380:# Neutralize VPATH when `$srcdir' = `.'.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6381-# Shell code in configure.ac might set extrasub.
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6407-test -z "$ac_datarootdir_hack$ac_datarootdir_seen" &&
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:6408: { ac_out=`sed -n '/\${datarootdir}/p' "$ac_tmp/out"`; test -n "$ac_out"; } &&
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6409- { ac_out=`sed -n '/^[ ]*datarootdir[ ]*:*=/p' \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6453- * )
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:6454: _am_stamp_count=`expr $_am_stamp_count + 1` ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6455- esac
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6500- # Strip MF so we end up with the name of the file.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:6501: mf=`echo "$mf" | sed -e 's/:.*$//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6502- # Check whether this is an Automake generated Makefile or not.
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6537- # from the Makefile without running `make'.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:6538: DEPDIR=`sed -n 's/^DEPDIR = //p' < "$mf"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6539- test -z "$DEPDIR" && continue
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:6540: am__include=`sed -n 's/^am__include = //p' < "$mf"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6541- test -z "am__include" && continue
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:6542: am__quote=`sed -n 's/^am__quote = //p' < "$mf"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6543- # When using ansi2knr, U may be empty or an underscore; expand it
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback:6544: U=`sed -n 's/^U = //p' < "$mf"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/configure.fallback-6545- # Find all dependency output files, they are included files with
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp-73- sed 's|[^\\/]*$|'${DEPDIR-.deps}'/&|;s|\.\([^.]*\)$|.P\1|;s|Pobj$|Po|'`}
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp:74:tmpdepfile=${tmpdepfile-`echo "$depfile" | sed 's/\.\([^.]*\)$/.T\1/'`}
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp-75-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp-249- # Version 6 uses the directory in both cases.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp:250: dir=`echo "$object" | sed -e 's|/[^/]*$|/|'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp-251- test "x$dir" = "x$object" && dir=
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp:252: base=`echo "$object" | sed -e 's|^.*/||' -e 's/\.o$//' -e 's/\.lo$//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp-253- if test "$libtool" = yes; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp-344- # Much of this is similar to the tru64 case; see comments there.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp:345: dir=`echo "$object" | sed -e 's|/[^/]*$|/|'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp-346- test "x$dir" = "x$object" && dir=
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp:347: base=`echo "$object" | sed -e 's|^.*/||' -e 's/\.o$//' -e 's/\.lo$//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp-348- if test "$libtool" = yes; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp-388- # Subdirectories are respected.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp:389: dir=`echo "$object" | sed -e 's|/[^/]*$|/|'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp-390- test "x$dir" = "x$object" && dir=
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp:391: base=`echo "$object" | sed -e 's|^.*/||' -e 's/\.o$//' -e 's/\.lo$//'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp-392-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp-578- done
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp:579: obj_suffix=`echo "$object" | sed 's/^.*\././'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/depcomp-580- touch "$tmpdepfile"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile-79-am__dist_doc_DATA_DIST = phyml-manual.tex phyml-manual.pdf
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile:80:am__vpath_adj_setup = srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's|.|.|g'`;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile-81-am__vpath_adj = case $$p in \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile:82: $(srcdir)/*) f=`echo "$$p" | sed "s|^$$srcdirstrip/||"`;; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile-83- *) f=$$p;; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile-84- esac;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile:85:am__strip_dir = f=`echo $$p | sed -e 's|^.*/||'`;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile-86-am__install_max = 40
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile-87-am__nobase_strip_setup = \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile:88: srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*|]/\\\\&/g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile-89-am__nobase_strip = \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile-266- @list='$(dist_doc_DATA)'; test -n "$(docdir)" || list=; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile:267: files=`for p in $$list; do echo $$p; done | sed -e 's|^.*/||'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile-268- dir='$(DESTDIR)$(docdir)'; $(am__uninstall_files_from_dir)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile-276-distdir: $(DISTFILES)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile:277: @srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile:278: topsrcdirstrip=`echo "$(top_srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile-279- list='$(DISTFILES)'; \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile-290- if test -d $$d/$$file; then \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile:291: dir=`echo "/$$file" | sed -e 's,/[^/]*$$,,'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile-292- if test -d "$(distdir)/$$file"; then \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back-79-am__dist_doc_DATA_DIST = phyml-manual.tex phyml-manual.pdf
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back:80:am__vpath_adj_setup = srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's|.|.|g'`;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back-81-am__vpath_adj = case $$p in \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back:82: $(srcdir)/*) f=`echo "$$p" | sed "s|^$$srcdirstrip/||"`;; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back-83- *) f=$$p;; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back-84- esac;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back:85:am__strip_dir = f=`echo $$p | sed -e 's|^.*/||'`;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back-86-am__install_max = 40
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back-87-am__nobase_strip_setup = \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back:88: srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*|]/\\\\&/g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back-89-am__nobase_strip = \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back-266- @list='$(dist_doc_DATA)'; test -n "$(docdir)" || list=; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back:267: files=`for p in $$list; do echo $$p; done | sed -e 's|^.*/||'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back-268- dir='$(DESTDIR)$(docdir)'; $(am__uninstall_files_from_dir)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back-276-distdir: $(DISTFILES)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back:277: @srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back:278: topsrcdirstrip=`echo "$(top_srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back-279- list='$(DISTFILES)'; \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back-290- if test -d $$d/$$file; then \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back:291: dir=`echo "/$$file" | sed -e 's,/[^/]*$$,,'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.back-292- if test -d "$(distdir)/$$file"; then \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in-79-am__dist_doc_DATA_DIST = phyml-manual.tex phyml-manual.pdf
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in:80:am__vpath_adj_setup = srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's|.|.|g'`;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in-81-am__vpath_adj = case $$p in \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in:82: $(srcdir)/*) f=`echo "$$p" | sed "s|^$$srcdirstrip/||"`;; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in-83- *) f=$$p;; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in-84- esac;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in:85:am__strip_dir = f=`echo $$p | sed -e 's|^.*/||'`;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in-86-am__install_max = 40
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in-87-am__nobase_strip_setup = \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in:88: srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*|]/\\\\&/g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in-89-am__nobase_strip = \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in-266- @list='$(dist_doc_DATA)'; test -n "$(docdir)" || list=; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in:267: files=`for p in $$list; do echo $$p; done | sed -e 's|^.*/||'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in-268- dir='$(DESTDIR)$(docdir)'; $(am__uninstall_files_from_dir)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in-276-distdir: $(DISTFILES)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in:277: @srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in:278: topsrcdirstrip=`echo "$(top_srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in-279- list='$(DISTFILES)'; \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in-290- if test -d $$d/$$file; then \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in:291: dir=`echo "/$$file" | sed -e 's,/[^/]*$$,,'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in-292- if test -d "$(distdir)/$$file"; then \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back-79-am__dist_doc_DATA_DIST = phyml-manual.tex phyml-manual.pdf
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back:80:am__vpath_adj_setup = srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's|.|.|g'`;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back-81-am__vpath_adj = case $$p in \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back:82: $(srcdir)/*) f=`echo "$$p" | sed "s|^$$srcdirstrip/||"`;; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back-83- *) f=$$p;; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back-84- esac;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back:85:am__strip_dir = f=`echo $$p | sed -e 's|^.*/||'`;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back-86-am__install_max = 40
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back-87-am__nobase_strip_setup = \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back:88: srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*|]/\\\\&/g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back-89-am__nobase_strip = \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back-266- @list='$(dist_doc_DATA)'; test -n "$(docdir)" || list=; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back:267: files=`for p in $$list; do echo $$p; done | sed -e 's|^.*/||'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back-268- dir='$(DESTDIR)$(docdir)'; $(am__uninstall_files_from_dir)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back-276-distdir: $(DISTFILES)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back:277: @srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back:278: topsrcdirstrip=`echo "$(top_srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back-279- list='$(DISTFILES)'; \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back-290- if test -d $$d/$$file; then \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back:291: dir=`echo "/$$file" | sed -e 's,/[^/]*$$,,'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/Makefile.in.back-292- if test -d "$(distdir)/$$file"; then \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/phyml-manual.tex-2307-\end{eqnarray*} where $\mu_x$ and $\sigma_x$ are the mean and standard deviation of the $X_i$ values
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/phyml-manual.tex:2308:respectively and $k$ is the lag. The value of $r$ that is used in PhyTime corresponds to the case where $k=1$,
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/phyml-manual.tex-2309-which therefore gives a first order approximation of the `average' autocorrelation value (i.e., the
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/phyml-manual.tex-2481- make sure that your sequence file is a plain text file, with standard carriage return characters (i.e.,
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/phyml-manual.tex:2482: corresponding to ``$\backslash$\x{n}'', or ``$\backslash$\x{r}'')
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/doc/phyml-manual.tex-2483-\end{itemize}
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/install-sh-229- fi
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/install-sh:230: cp_umask=`expr '(' 777 - $mode % 1000 ')' $u_plus_rw`;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/install-sh-231- *)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/install-sh-276- dstdir=$dst
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/install-sh:277: dst=$dstdir/`basename "$src"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/install-sh-278- dstdir_status=0
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/install-sh-358- # FreeBSD 6.1 mkdir -m -p sets mode of existing directory.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/install-sh:359: ls_ld_tmpdir=`ls -ld "$tmpdir"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/install-sh-360- case $ls_ld_tmpdir in
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/install-sh-365- $mkdirprog -m$different_mode -p -- "$tmpdir" && {
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/install-sh:366: ls_ld_tmpdir_1=`ls -ld "$tmpdir"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/install-sh-367- test "$ls_ld_tmpdir" = "$ls_ld_tmpdir_1"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/install-sh-425- case $prefix in
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/install-sh:426: *\'*) qprefix=`echo "$prefix" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/install-sh-427- *) qprefix=$prefix;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/install-sh-474- if $copy_on_change &&
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/install-sh:475: old=`LC_ALL=C ls -dlL "$dst" 2>/dev/null` &&
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/install-sh:476: new=`LC_ALL=C ls -dlL "$dsttmp" 2>/dev/null` &&
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/install-sh-477-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-161- # Extract subdirectory from the argument.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:162: func_dirname_result=`$ECHO "X${1}" | $Xsed -e "$dirname"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-163- if test "X$func_dirname_result" = "X${1}"; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-167- fi
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:168: func_basename_result=`$ECHO "X${1}" | $Xsed -e "$basename"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-169-}
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-193- progdir=$func_dirname_result
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:194: progdir=`cd "$progdir" && pwd`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-195- progpath="$progdir/$progname"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-221-# Since each input `\' is now two `\'s, look for any number of runs of
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:222:# four `\'s followed by two `\'s and then a '$'. `\' that '$'.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-223-bs='\\'
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-328- # ...otherwise throw away the child directory and loop
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:329: my_directory_path=`$ECHO "X$my_directory_path" | $Xsed -e "$dirname"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-330- done
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:331: my_dir_list=`$ECHO "X$my_dir_list" | $Xsed -e 's,:*$,,'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-332-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-363- # If mktemp works, use that first and foremost
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:364: my_tmpdir=`mktemp -d "${my_template}-XXXXXXXX" 2>/dev/null`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-365-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-394- *[\\\`\"\$]*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:395: func_quote_for_eval_unquoted_result=`$ECHO "X$1" | $Xsed -e "$sed_quote_subst"` ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-396- *)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-536- s/\$with_gnu_ld/'"$with_gnu_ld"'/
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:537: s/\$automake_version/'"`(automake --version) 2>/dev/null |$SED 1q`"'/
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:538: s/\$autoconf_version/'"`(autoconf --version) 2>/dev/null |$SED 1q`"'/
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-539- p
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-565- :
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:566:elif test "X`{ $ECHO '\t'; } 2>/dev/null`" = 'X\t'; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-567- # Yippee, $ECHO works!
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-685- # quotes we have to do it in 2 steps:
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:686: extractedcf=`$SED -n -e "$sed_extractcf" < "$progpath"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-687- eval "$extractedcf"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1021- # but not from the CC environment variable when configure was run.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:1022: " $CC "* | "$CC "* | " `$ECHO $CC` "* | "`$ECHO $CC` "* | " $CC_quoted"* | "$CC_quoted "* | " `$ECHO $CC_quoted` "* | "`$ECHO $CC_quoted` "*) ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1023- # Blanks at the start of $base_compile will cause this to fail
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1028- # Evaluate the configuration.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:1029: eval "`${SED} -n -e '/^# ### BEGIN LIBTOOL TAG CONFIG: '$z'$/,/^# ### END LIBTOOL TAG CONFIG: '$z'$/p' < $progpath`"
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1030- CC_quoted=
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1036- case "$@ " in
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:1037: " $CC "* | "$CC "* | " `$ECHO $CC` "* | "`$ECHO $CC` "* | " $CC_quoted"* | "$CC_quoted "* | " `$ECHO $CC_quoted` "* | "`$ECHO $CC_quoted` "*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1038- # The compiler in the base compile command matches
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1213- *.[cCFSifmso] | \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:1214: *.ada | *.adb | *.ads | *.asm | \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1215- *.c++ | *.cc | *.ii | *.class | *.cpp | *.cxx | \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1290- if test "$compiler_c_o" = no; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:1291: output_obj=`$ECHO "X$srcfile" | $Xsed -e 's%^.*/%%' -e 's%\.[^.]*$%%'`.${objext}
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1292- lockfile="$output_obj.lock"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1309-*** ERROR, $lockfile exists and contains:
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:1310:`cat $lockfile 2>/dev/null`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1311-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1358- if test "$need_locks" = warn &&
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:1359: test "X`cat $lockfile 2>/dev/null`" != "X$srcfile"; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1360- $ECHO "\
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1361-*** ERROR, $lockfile contains:
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:1362:`cat $lockfile 2>/dev/null`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1363-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1407- if test "$need_locks" = warn &&
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:1408: test "X`cat $lockfile 2>/dev/null`" != "X$srcfile"; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1409- $ECHO "\
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1410-*** ERROR, $lockfile contains:
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:1411:`cat $lockfile 2>/dev/null`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1412-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1665- test -n "$library_names" && \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:1666: func_warning "\`$file' was not linked with \`-export-dynamic'"
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1667- continue
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1676- if test ! -f "$dir/$dlname"; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:1677: func_fatal_error "cannot find \`$dlname' in \`$dir' or \`$dir/$objdir'"
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1678- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1694- # Get the absolute pathname.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:1695: absdir=`cd "$dir" && pwd`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-1696- test -n "$absdir" && dir="$absdir"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2012- # Determine the prefix the user has applied to our future dir.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2013: inst_prefix_dir=`$ECHO "X$destdir" | $Xsed -e "s%$libdir\$%%"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2014-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2025- # Stick the inst_prefix_dir data into the link command.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2026: relink_command=`$ECHO "X$relink_command" | $Xsed -e "s%@inst_prefix_dir@%-inst-prefix-dir $inst_prefix_dir%"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2027- else
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2028: relink_command=`$ECHO "X$relink_command" | $Xsed -e "s%@inst_prefix_dir@%%"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2029- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2185- fi
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2186: libfile="$libdir/"`$ECHO "X$lib" | $Xsed -e 's%^.*/%%g'` ### testsuite: skip nested quoting test
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2187- if test -n "$libdir" && test ! -f "$libfile"; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2188: func_warning "\`$lib' has not been installed in \`$libdir'"
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2189- finalize=no
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2204- # Replace the output file specification.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2205: relink_command=`$ECHO "X$relink_command" | $Xsed -e 's%@OUTPUT@%'"$outputname"'%g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2206-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2223- # Install the binary that we compiled earlier.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2224: file=`$ECHO "X$file$stripped_ext" | $Xsed -e "s%\([^/]*\)$%$objdir/\1%"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2225- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2294- my_pic_p="${3-no}"
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2295: my_prefix=`$ECHO "$my_originator" | sed 's%[^a-zA-Z0-9]%_%g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2296- my_dlsyms=
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2334- # Add our own program objects to the symbol list.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2335: progfiles=`$ECHO "X$objs$old_deplibs" | $SP2NL | $Xsed -e "$lo2o" | $NL2SP`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2336- for progfile in $progfiles; do
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2517- if test -f "$output_objdir/$my_outputname.def"; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2518: compile_command=`$ECHO "X$compile_command" | $Xsed -e "s%@SYMFILE@%$output_objdir/$my_outputname.def $symfileobj%"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2519: finalize_command=`$ECHO "X$finalize_command" | $Xsed -e "s%@SYMFILE@%$output_objdir/$my_outputname.def $symfileobj%"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2520- else
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2521: compile_command=`$ECHO "X$compile_command" | $Xsed -e "s%@SYMFILE@%$symfileobj%"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2522: finalize_command=`$ECHO "X$finalize_command" | $Xsed -e "s%@SYMFILE@%$symfileobj%"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2523- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2525- *)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2526: compile_command=`$ECHO "X$compile_command" | $Xsed -e "s%@SYMFILE@%$symfileobj%"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2527: finalize_command=`$ECHO "X$finalize_command" | $Xsed -e "s%@SYMFILE@%$symfileobj%"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2528- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2540- # Nullify the symbol file.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2541: compile_command=`$ECHO "X$compile_command" | $Xsed -e "s% @SYMFILE@%%"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2542: finalize_command=`$ECHO "X$finalize_command" | $Xsed -e "s% @SYMFILE@%%"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2543- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2555- win32_libid_type="unknown"
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2556: win32_fileres=`file -L $1 2>/dev/null`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2557- case $win32_fileres in
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2652- darwin_curdir=`pwd`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2653: darwin_base_archive=`basename "$darwin_archive"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2654: darwin_arches=`$LIPO -info "$darwin_archive" 2>/dev/null | $GREP Architectures 2>/dev/null || true`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2655- if test -n "$darwin_arches"; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2656: darwin_arches=`$ECHO "$darwin_arches" | $SED -e 's/.*are://'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2657- darwin_arch=
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2667- ## Okay now we've a bunch of thin objects, gotta fatten them up :)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2668: darwin_filelist=`find unfat-$$ -type f -name \*.o -print -o -name \*.lo -print | $SED -e "$basename" | sort -u`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2669- darwin_file=
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2671- for darwin_file in $darwin_filelist; do
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2672: darwin_files=`find unfat-$$ -name $darwin_file -print | $NL2SP`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2673- $LIPO -create -output "$darwin_file" $darwin_files
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2686- esac
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2687: my_oldobjs="$my_oldobjs "`find $my_xdir -name \*.$objext -print -o -name \*.lo -print | $NL2SP`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2688- done
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2757- shift
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2758: elif test \"X\`{ \$ECHO '\t'; } 2>/dev/null\`\" = 'X\t'; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2759- # Yippee, \$ECHO works!
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2769- # Find the directory that this script lives in.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2770: thisdir=\`\$ECHO \"X\$file\" | \$Xsed -e 's%/[^/]*$%%'\`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2771- test \"x\$thisdir\" = \"x\$file\" && thisdir=.
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2773- # Follow symbolic links until we get to the real thisdir.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2774: file=\`ls -ld \"\$file\" | ${SED} -n 's/.*-> //p'\`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2775- while test -n \"\$file\"; do
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2776: destdir=\`\$ECHO \"X\$file\" | \$Xsed -e 's%/[^/]*\$%%'\`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2777-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2785-
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2786: file=\`\$ECHO \"X\$file\" | \$Xsed -e 's%^.*/%%'\`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2787: file=\`ls -ld \"\$thisdir/\$file\" | ${SED} -n 's/.*-> //p'\`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2788- done
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2816- case \"\$thisdir\" in
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2817: *[\\\\/]$objdir ) thisdir=\`\$ECHO \"X\$thisdir\" | \$Xsed -e 's%[\\\\/][^\\\\/]*$%%'\` ;;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2818- $objdir ) thisdir=. ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2822- # Try to get the absolute directory name.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2823: absdir=\`cd \"\$thisdir\" && pwd\`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2824- test -n \"\$absdir\" && thisdir=\"\$absdir\"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2832- if test ! -f \"\$progdir/\$program\" ||
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2833: { file=\`ls -1dt \"\$progdir/\$program\" \"\$progdir/../\$program\" 2>/dev/null | ${SED} 1q\`; \\
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2834- test \"X\$file\" != \"X\$progdir/\$program\"; }; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2847- if test -n \"\$relink_command\"; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2848: if relink_command_output=\`eval \$relink_command 2>&1\`; then :
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2849- else
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2879- # The second colon is a workaround for a bug in BeOS R4 sed
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2880: $shlibpath_var=\`\$ECHO \"X\$$shlibpath_var\" | \$Xsed -e 's/::*\$//'\`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2881-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2994- *cygwin* )
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:2995: func_to_host_path_tmp1=`cygpath -w "$1"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-2996- func_to_host_path_result=`echo "$func_to_host_path_tmp1" |\
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-3006- # the odd construction:
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:3007: func_to_host_path_tmp1=`winepath -w "$1" 2>/dev/null`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-3008- if test "$?" -eq 0 && test -n "${func_to_host_path_tmp1}"; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-3073- *cygwin* )
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:3074: func_to_host_pathlist_tmp2=`cygpath -w -p "$func_to_host_pathlist_tmp1"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-3075- func_to_host_pathlist_result=`echo "$func_to_host_pathlist_tmp2" |\
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-4240- moreargs=
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:4241: for fil in `cat "$save_arg"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-4242- do
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-4490- *)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:4491: absdir=`cd "$dir" && pwd`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-4492- test -z "$absdir" && \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-4505- *-*-cygwin* | *-*-mingw* | *-*-pw32* | *-*-os2* | *-cegcc*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:4506: testbindir=`$ECHO "X$dir" | $Xsed -e 's*/lib$*/bin*'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-4507- case :$dllsearchpath: in
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-4927- # get the directories listed in $shlibpath_var
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:4928: eval shlib_search_path=\`\$ECHO \"X\${$shlibpath_var}\" \| \$Xsed -e \'s/:/ /g\'\`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-4929- else
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5050- for deplib in $dependency_libs; do
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:5051: deplib_base=`$ECHO "X$deplib" | $Xsed -e "$basename"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5052- case " $weak_libs " in
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5228- set dummy $deplibs_check_method; shift
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:5229: match_pattern_regex=`expr "$deplibs_check_method" : "$1 \(.*\)"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5230- if eval "\$ECHO \"X$deplib\"" 2>/dev/null | $Xsed -e 10q \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5291- else
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:5292: func_fatal_error "cannot find the library \`$lib' or unhandled argument \`$deplib'"
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5293- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5320- if test -n "$inherited_linker_flags"; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:5321: tmp_inherited_linker_flags=`$ECHO "X$inherited_linker_flags" | $Xsed -e 's/-framework \([^ $]*\)/\1.ltframework/g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5322- for tmp_inherited_linker_flag in $tmp_inherited_linker_flags; do
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5328- fi
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:5329: dependency_libs=`$ECHO "X $dependency_libs" | $Xsed -e 's% \([^ $]*\).ltframework% -framework \1%g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5330- if test "$linkmode,$pass" = "lib,link" ||
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5395- *)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:5396: abs_ladir=`cd "$ladir" && pwd`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5397- if test -z "$abs_ladir"; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5621- shift
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:5622: libname=`eval "\\$ECHO \"$libname_spec\""`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5623- # use dlname if we got it. it's perfectly good, no?
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5904- *)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:5905: absdir=`cd "$dir" && pwd`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5906- if test -z "$absdir"; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5915- depdepl=
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:5916: eval deplibrary_names=`${SED} -n -e 's/^library_names=\(.*\)$/\1/p' $deplib`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5917- if test -n "$deplibrary_names" ; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5922- depdepl="$absdir/$objdir/$depdepl"
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:5923: darwin_install_name=`${OTOOL} -L $depdepl | awk '{if (NR == 2) {print $1;exit}}'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5924- if test -z "$darwin_install_name"; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:5925: darwin_install_name=`${OTOOL64} -L $depdepl | awk '{if (NR == 2) {print $1;exit}}'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5926- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5937- else
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:5938: eval libdir=`${SED} -n -e 's/^libdir=\(.*\)$/\1/p' $deplib`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5939- test -z "$libdir" && \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5960- else
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:5961: compiler_flags="$compiler_flags "`$ECHO "X $new_inherited_linker_flags" | $Xsed -e 's% \([^ $]*\).ltframework% -framework \1%g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-5962- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6109- test "$module" = no && \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6110: func_fatal_help "libtool library \`$output' must begin with \`lib'"
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6111-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6243- if test "$age" -gt "$current"; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6244: func_error "AGE \`$age' is greater than the current interface number \`$current'"
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6245- func_fatal_error "\`$vinfo' is not valid version information"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6404- removelist=
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6405: tempremovelist=`$ECHO "$output_objdir/*"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6406- for p in $tempremovelist; do
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6430- # Transform .lo files to .o files.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6431: oldobjs="$objs "`$ECHO "X$libobjs" | $SP2NL | $Xsed -e '/\.'${libext}'$/d' -e "$lo2o" | $NL2SP`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6432- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6435- #for path in $notinst_path; do
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6436: # lib_search_path=`$ECHO "X$lib_search_path " | $Xsed -e "s% $path % %g"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6437: # deplibs=`$ECHO "X$deplibs " | $Xsed -e "s% -L$path % %g"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6438: # dependency_libs=`$ECHO "X$dependency_libs " | $Xsed -e "s% -L$path % %g"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6439- #done
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6555- if test -n "$i" ; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6556: libname=`eval "\\$ECHO \"$libname_spec\""`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6557: deplib_matches=`eval "\\$ECHO \"$library_names_spec\""`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6558- set dummy $deplib_matches; shift
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6559- deplib_match=$1
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6560: if test `expr "$ldd_output" : ".*$deplib_match"` -ne 0 ; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6561- newdeplibs="$newdeplibs $i"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6598- if test -n "$i" ; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6599: libname=`eval "\\$ECHO \"$libname_spec\""`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6600: deplib_matches=`eval "\\$ECHO \"$library_names_spec\""`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6601- set dummy $deplib_matches; shift
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6602- deplib_match=$1
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6603: if test `expr "$ldd_output" : ".*$deplib_match"` -ne 0 ; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6604- newdeplibs="$newdeplibs $i"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6633- set dummy $deplibs_check_method; shift
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6634: file_magic_regex=`expr "$deplibs_check_method" : "$1 \(.*\)"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6635- for a_deplib in $deplibs; do
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6648- if test -n "$a_deplib" ; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6649: libname=`eval "\\$ECHO \"$libname_spec\""`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6650- for i in $lib_search_path $sys_lib_search_path $shlib_search_path; do
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6651: potential_libs=`ls $i/$libname[.-]* 2>/dev/null`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6652- for potent_lib in $potential_libs; do
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6664- while test -h "$potlib" 2>/dev/null; do
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6665: potliblink=`ls -ld $potlib | ${SED} 's/.* -> //'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6666- case $potliblink in
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6667- [\\/]* | [A-Za-z]:[\\/]*) potlib="$potliblink";;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6668: *) potlib=`$ECHO "X$potlib" | $Xsed -e 's,[^/]*$,,'`"$potliblink";;
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6669- esac
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6705- set dummy $deplibs_check_method; shift
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6706: match_pattern_regex=`expr "$deplibs_check_method" : "$1 \(.*\)"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6707- for a_deplib in $deplibs; do
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6720- if test -n "$a_deplib" ; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6721: libname=`eval "\\$ECHO \"$libname_spec\""`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6722- for i in $lib_search_path $sys_lib_search_path $shlib_search_path; do
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6723: potential_libs=`ls $i/$libname[.-]* 2>/dev/null`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6724- for potent_lib in $potential_libs; do
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6764- # can't use Xsed below, because $i might contain '/'
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6765: tmp_deplibs=`$ECHO "X $tmp_deplibs" | $Xsed -e "s,$i,,"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6766- done
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6789- # On Rhapsody replace the C library with the System framework
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6790: newdeplibs=`$ECHO "X $newdeplibs" | $Xsed -e 's/ -lc / System.ltframework /'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6791- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6841- *-*-darwin*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6842: newdeplibs=`$ECHO "X $newdeplibs" | $Xsed -e 's% \([^ $]*\).ltframework% -framework \1%g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6843: new_inherited_linker_flags=`$ECHO "X $new_inherited_linker_flags" | $Xsed -e 's% \([^ $]*\).ltframework% -framework \1%g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6844: deplibs=`$ECHO "X $deplibs" | $Xsed -e 's% \([^ $]*\).ltframework% -framework \1%g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6845- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6965- # Use standard objects if they are pic
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6966: test -z "$pic_flag" && libobjs=`$ECHO "X$libobjs" | $SP2NL | $Xsed -e "$lo2o" | $NL2SP`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6967- test "X$libobjs" = "X " && libobjs=
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6980- # exporting using user supplied symfile
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:6981: if test "x`$SED 1q $export_symbols`" != xEXPORTS; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-6982- # and it's NOT already a .def file. Must figure out
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7132- save_output=$output
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:7133: output_la=`$ECHO "X$output" | $Xsed -e "$basename"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7134-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7436- eval tmp_whole_archive_flags=\"$whole_archive_flag_spec\"
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:7437: reload_conv_objs=$reload_objs\ `$ECHO "X$tmp_whole_archive_flags" | $Xsed -e 's|,| |g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7438- else
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7447- # Create the old-style object.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:7448: reload_objs="$objs$old_deplibs "`$ECHO "X$libobjs" | $SP2NL | $Xsed -e '/\.'${libext}$'/d' -e '/\.lib$/d' -e "$lo2o" | $NL2SP`" $reload_conv_objs" ### testsuite: skip nested quoting test
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7449-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7507- # On Rhapsody replace the C library is the System framework
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:7508: compile_deplibs=`$ECHO "X $compile_deplibs" | $Xsed -e 's/ -lc / System.ltframework /'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:7509: finalize_deplibs=`$ECHO "X $finalize_deplibs" | $Xsed -e 's/ -lc / System.ltframework /'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7510- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7525- # Time to change all our "foo.ltframework" stuff back to "-framework foo"
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:7526: compile_deplibs=`$ECHO "X $compile_deplibs" | $Xsed -e 's% \([^ $]*\).ltframework% -framework \1%g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:7527: finalize_deplibs=`$ECHO "X $finalize_deplibs" | $Xsed -e 's% \([^ $]*\).ltframework% -framework \1%g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7528- ;;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7603- *-*-cygwin* | *-*-mingw* | *-*-pw32* | *-*-os2* | *-cegcc*)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:7604: testbindir=`${ECHO} "$libdir" | ${SED} -e 's*/lib$*/bin*'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7605- case :$dllsearchpath: in
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7663- # Transform all the library objects into standard objects.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:7664: compile_command=`$ECHO "X$compile_command" | $SP2NL | $Xsed -e "$lo2o" | $NL2SP`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:7665: finalize_command=`$ECHO "X$finalize_command" | $SP2NL | $Xsed -e "$lo2o" | $NL2SP`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7666- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7693- # Replace the output file specification.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:7694: compile_command=`$ECHO "X$compile_command" | $Xsed -e 's%@OUTPUT@%'"$output"'%g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7695- link_command="$compile_command$compile_rpath"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7740- # Replace the output file specification.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:7741: link_command=`$ECHO "X$link_command" | $Xsed -e 's%@OUTPUT@%'"$output"'%g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7742- # Delete the old output file.
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7759- if test "$fast_install" = yes; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:7760: relink_command=`$ECHO "X$compile_var$compile_command$compile_rpath" | $Xsed -e 's%@OUTPUT@%\$progdir/\$file%g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7761- else
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7771- # Replace the output file specification.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:7772: link_command=`$ECHO "X$link_command" | $Xsed -e 's%@OUTPUT@%'"$output_objdir/$outputname"'%g'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7773-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7795- relink_command="(cd `pwd`; $relink_command)"
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:7796: relink_command=`$ECHO "X$relink_command" | $Xsed -e "$sed_quote_subst"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7797- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7804- esac
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:7805: qecho=`$ECHO "X$qecho" | $Xsed -e "$sed_quote_subst"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7806- else
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:7807: qecho=`$ECHO "X$ECHO" | $Xsed -e "$sed_quote_subst"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-7808- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-8038- relink_command="(cd `pwd`; $SHELL $progpath $preserve_args --mode=relink $libtool_args @inst_prefix_dir@)"
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:8039: relink_command=`$ECHO "X$relink_command" | $Xsed -e "$sed_quote_subst"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-8040- if test "$hardcode_automatic" = yes ; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-8058- name="$func_basename_result"
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:8059: eval libdir=`${SED} -n -e 's/^libdir=\(.*\)$/\1/p' $deplib`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-8060- test -z "$libdir" && \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-8074- name="$func_basename_result"
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:8075: eval libdir=`${SED} -n -e 's/^libdir=\(.*\)$/\1/p' $lib`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-8076- test -z "$libdir" && \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-8093- name="$func_basename_result"
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:8094: eval libdir=`${SED} -n -e 's/^libdir=\(.*\)$/\1/p' $lib`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-8095- test -z "$libdir" && \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-8397-# ### BEGIN LIBTOOL TAG CONFIG: disable-static
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh:8398:build_old_libs=`case $build_libtool_libs in yes) echo no;; *) echo yes;; esac`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/ltmain.sh-8399-# ### END LIBTOOL TAG CONFIG: disable-static
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-129- # Could not run --version or --help. This is probably someone
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing:130: # running `$TOOL --version' or `$TOOL --help' to check whether
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-131- # $TOOL exists and not knowing $TOOL uses missing.
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-163- from any GNU archive site."
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing:164: files=`sed -n 's/^[ ]*A[CM]_CONFIG_HEADER(\([^)]*\)).*/\1/p' ${configure_ac}`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-165- test -z "$files" && files="config.h"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-192- proper tools for further handling them.
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing:193: You can get \`$1' as part of \`Autoconf' from any GNU
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-194- archive site."
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-195-
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing:196: file=`echo "$*" | sed -n "$sed_output"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing:197: test -z "$file" && file=`echo "$*" | sed -n "$sed_minuso"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-198- if test -f "$file"; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-221- *.y)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing:222: SRCFILE=`echo "$LASTARG" | sed 's/y$/c/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-223- if test -f "$SRCFILE"; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-225- fi
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing:226: SRCFILE=`echo "$LASTARG" | sed 's/y$/h/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-227- if test -f "$SRCFILE"; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-251- *.l)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing:252: SRCFILE=`echo "$LASTARG" | sed 's/l$/c/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-253- if test -f "$SRCFILE"; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-270-
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing:271: file=`echo "$*" | sed -n "$sed_output"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing:272: test -z "$file" && file=`echo "$*" | sed -n "$sed_minuso"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-273- if test -f "$file"; then
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-290- # The file to touch is that specified with -o ...
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing:291: file=`echo "$*" | sed -n "$sed_output"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing:292: test -z "$file" && file=`echo "$*" | sed -n "$sed_minuso"`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-293- if test -z "$file"; then
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-294- # ... or it is the one specified with @setfilename ...
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing:295: infile=`echo "$*" | sed 's/.* \([^ ]*\) *$/\1/'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-296- file=`sed -n '
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-302- # ... or it is derived from the source name (dir/f.texi becomes f.info)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing:303: test -z "$file" && file=`echo "$infile" | sed 's,.*/,,;s,.[^.]*$,,'`.info
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/missing-304- fi
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/Makefile.in-1266-.c.obj:
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/Makefile.in:1267:@am__fastdepCC_TRUE@ $(AM_V_CC)$(COMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/Makefile.in-1268-@am__fastdepCC_TRUE@ $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/Makefile.in-1270-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@ DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/Makefile.in:1271:@am__fastdepCC_FALSE@ $(AM_V_CC@am__nodep@)$(COMPILE) -c `$(CYGPATH_W) '$<'`
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/Makefile.in-1272-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/Makefile.in-1317-GTAGS:
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/Makefile.in:1318: here=`$(am__cd) $(top_builddir) && pwd` \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/Makefile.in-1319- && $(am__cd) $(top_srcdir) \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/Makefile.in-1325-distdir: $(DISTFILES)
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/Makefile.in:1326: @srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/Makefile.in:1327: topsrcdirstrip=`echo "$(top_srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/Makefile.in-1328- list='$(DISTFILES)'; \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/Makefile.in-1339- if test -d $$d/$$file; then \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/Makefile.in:1340: dir=`echo "/$$file" | sed -e 's,/[^/]*$$,,'`; \
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/Makefile.in-1341- if test -d "$(distdir)/$$file"; then \
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/mcmc.c-65- Switch_Eigen(NO,tree->mod);
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/mcmc.c:66: MCMC_Print_Param(tree->mcmc,tree);
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/mcmc.c-67-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/mcmc.c-134- /* tree->mcmc->nd_t_digits = 4; */
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/mcmc.c:135: /* MCMC_Print_Param(tree->mcmc,tree); */
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/mcmc.c-136-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/mcmc.c-167- /* tree->mcmc->run = 0; */
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/mcmc.c:168: /* MCMC_Print_Param(tree->mcmc,tree); */
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/mcmc.c-169- /* fclose(fp); */
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/mcmc.c-336-
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/mcmc.c:337: MCMC_Print_Param(tree->mcmc,tree);
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/mcmc.c-338- MCMC_Print_Param_Stdin(tree->mcmc,tree);
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/mcmc.h-40-void MCMC_Lexp(t_tree *tree);
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/mcmc.h:41:void MCMC_Print_Param(t_mcmc *mcmc, t_tree *tree);
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/mcmc.h-42-t_mcmc *MCMC_Make_MCMC_Struct();
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/rates.c-83- PhyML_Printf("\n. Err in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/rates.c:84: MCMC_Print_Param(tree->mcmc,tree);
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/rates.c-85- Exit("\n");
##############################################
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/rates.c-241- PhyML_Printf("\n. Err in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/rates.c:242: MCMC_Print_Param(tree->mcmc,tree);
arb-6.0.6/GDE/PHYML20130708/phyml/src/rates.c-243- Exit("\n");
##############################################
arb-6.0.6/GDE/RAxML/gcc.h-34-#define prefetch(x) __builtin_prefetch(x)
arb-6.0.6/GDE/RAxML/gcc.h:35:#define barrier() asm volatile("": : :"memory")
arb-6.0.6/GDE/RAxML/gcc.h:36:#define forget(v) asm volatile("": "=m"(v) :"m"(v))
arb-6.0.6/GDE/RAxML/gcc.h:37:#define mfence(v) asm volatile("mfence\n": : :"memory")
arb-6.0.6/GDE/RAxML/gcc.h:38:#define cpu_relax() asm volatile("rep; nop\n": : :"memory")
arb-6.0.6/GDE/RAxML/gcc.h-39-#define likely(x) __builtin_expect(!!(x), 1)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_alloc.c-4073-#define SAVE_REG(N, V)\
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_alloc.c:4074: asm volatile ("movq %0, %%xmm" #N "\n\t" :: "mr" (V))
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_alloc.c-4075-
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_alloc.c-4076-#define RESTORE_REG(N, V)\
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_alloc.c:4077: asm volatile ("movq %%xmm" #N ", %0\n\t" : "=r" (V))
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_alloc.c-4078-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-18-/*
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h:19: * Functions that require asm for efficiency, or to work at all...
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-20- */
##############################################
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-39-{
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h:40: asm goto (
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-41- "lock; bts %0, (%1)\n"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-54-{
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h:55: asm goto (
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-56- "lock; btr %0, (%1)\n"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-71-
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h:72: asm ("bsf %[x], %[result]"
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-73- : [result] "=r" (result)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-83-
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h:84: asm ("bsr %[x], %[result]"
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-85- : [result] "=r" (result)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-96-
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h:97: asm ("bsfq %[x], %[result]"
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-98- : [result] "=r" (result)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-108-
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h:109: asm ("bsrq %[x], %[result]"
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-110- : [result] "=r" (result)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-126-
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h:127: asm ("bsfl %[xhi], %[tmp]\n"
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-128- "addl $0x20, %[tmp]\n"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-145-
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h:146: asm ("bsrl %[xlo], %[tmp]\n"
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-147- "addl $-0x20, %[tmp]\n"
##############################################
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-161-{
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h:162: asm volatile("xchgb %0,%1"
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-163- :"=r" ((unsigned char) x)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-171-{
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h:172: asm volatile("xchgw %0,%1"
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-173- :"=r" ((unsigned short) x)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-182-{
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h:183: asm volatile("xchgl %0,%1"
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-184- :"=r" ((unsigned) x)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-193-{
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h:194: asm volatile("xchgq %0,%1"
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-195- :"=r" ((unsigned long long) x)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-224- unsigned hi, lo;
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h:225: asm volatile ("rdtsc" : "=a"(lo), "=d"(hi));
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-226- return lo + ((unsigned long long)hi << 32);
##############################################
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-228-
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h:229:#else /* GCC_ASM */
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-230-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-279-
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h:280:#endif /* GCC_ASM */
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ll_asm.h-281-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ming.h-40-#define prefetch(x) __builtin_prefetch(x)
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ming.h:41:#define barrier() asm volatile("": : :"memory")
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ming.h:42:#define forget(v) asm volatile("": "=m"(v) :"m"(v))
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ming.h:43:#define cpu_relax() asm volatile("rep; nop\n": : :"memory")
arb-6.0.6/GDE/RAxML/ming.h-44-#define likely(x) __builtin_expect(!!(x), 1)
##############################################
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/ppuzzle.c-2220- if (PP_IamMaster) {
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/ppuzzle.c:2221: FPRINTF(STDOUTFILE "(%2d) Init: %2.4f Param(Comp: %2.4f Send: %2.4f)\n", PP_Myid, PP_inittime, PP_paramcomptime, PP_paramsendtime);
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/ppuzzle.c-2222- FPRINTF(STDOUTFILE "(%2d) Quart(Comp: %2.4f Send: %2.4f) Puzzle: %2.4f Tree: %2.4f\n", PP_Myid, PP_quartcomptime, PP_quartsendtime, PP_puzzletime, PP_treetime);
##############################################
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-937-/* compute address of the 4 int (sort key) in the 4 int node */
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:938:int ct_sortkeyaddr(int addr)
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-939-{
##############################################
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-949-/* compute address of the next edge pointer in a 4 int node (0->1->2->0) */
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:950:int ct_nextedgeaddr(int addr)
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-951-{
##############################################
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1079- ctree[nextcurredge] = ct_curredge;
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1080: ctree[ct_sortkeyaddr(nextcurredge)] = trueID[i];
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1081- (*ct_nextleaf)++;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1091- (*ct_nextnode)++;
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1092: nextcurredge = ct_nextedgeaddr(nextcurredge);
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1093- copyOTU(ctree, ct_nextnode, nextcurredge,
##############################################
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1095-
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1096: nextcurredge = ct_nextedgeaddr(nextcurredge);
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1097- copyOTU(ctree, ct_nextnode, nextcurredge,
##############################################
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1116- ctree[ct_curredge] = ct_1stedge(0);
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1117: ctree[ct_sortkeyaddr(0)] = trueID[0];
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1118-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1120-
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1121: ct_curredge = ct_nextedgeaddr(ct_curredge);
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1122- copyOTU(ctree, &ct_nextnode, ct_curredge,
##############################################
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1124-
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1125: ct_curredge = ct_nextedgeaddr(ct_curredge);
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1126- copyOTU(ctree, &ct_nextnode, ct_curredge,
##############################################
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1140- if (ctree[ct_2ndedge((int) (edge / 4))] < 0)
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1141: return ctree[ct_sortkeyaddr(edge)];
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1142-
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1143: edge1 = ctree[ct_nextedgeaddr(edge)];
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1144: edge2 = ctree[ct_nextedgeaddr(ct_nextedgeaddr(edge))];
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1145-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1160- ctree[edge2] = tempedge;
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1161: ctree[ct_sortkeyaddr(edge)] = key2;
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1162-
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1163- } else {
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1164: ctree[ct_sortkeyaddr(edge)] = key1;
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1165- }
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1166: return ctree[ct_sortkeyaddr(edge)];
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1167-}
##############################################
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1176- for(n=0; n<Maxspc; n++) {
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1177: if (ctree[ct_sortkeyaddr(n*4)] == 0)
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1178- startnode = n;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1192- if (ctree[ct_2ndedge((int) (edge / 4))] < 0) {
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1193: printf("%d", ctree[ct_sortkeyaddr(edge)]);
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1194- return;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1196-
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1197: edge1 = ctree[ct_nextedgeaddr(edge)];
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1198: edge2 = ctree[ct_nextedgeaddr(ct_nextedgeaddr(edge))];
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1199-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1215- for(n=0; n<Maxspc; n++) {
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1216: if (ctree[ct_sortkeyaddr(n*4)] == 0)
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1217- startnode = n;
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1218- }
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1219: printf ("(%d,", ctree[ct_sortkeyaddr(startnode*4)]);
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1220- printfsortOTU(ctree[startnode * 4], ctree);
##############################################
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1233- if (ctree[ct_2ndedge((int) (edge / 4))] < 0) {
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1234: *len+=sprintf(&(str[*len]), "%d", ctree[ct_sortkeyaddr(edge)]);
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1235- return;
##############################################
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1237-
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1238: edge1 = ctree[ct_nextedgeaddr(edge)];
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1239: edge2 = ctree[ct_nextedgeaddr(ct_nextedgeaddr(edge))];
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1240-
##############################################
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1263- for(n=0; n<Maxspc; n++) {
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1264: if (ctree[ct_sortkeyaddr(n*4)] == 0)
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1265- startnode = n;
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1266- }
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c:1267: len+=sprintf (&(tmpptr[len]), "(%d,", ctree[ct_sortkeyaddr(startnode*4)]);
arb-6.0.6/GDE/TREEPUZZLE/src/puzzle2.c-1268- sprintfOTU(tmpptr, &len, ctree[startnode * 4], ctree);
##############################################
arb-6.0.6/GDEHELP/genhelptree.sh-17-
arb-6.0.6/GDEHELP/genhelptree.sh:18:BASE=`echo $INDEXFILE | $SED -e 's/^.*\///' | $SED -e 's/.help//'`
arb-6.0.6/GDEHELP/genhelptree.sh:19:PREFIX=`echo $INDEXFILE | $SED -e 's/\/[^\/]*$//'`
arb-6.0.6/GDEHELP/genhelptree.sh-20-echo "BASE='$BASE' PREFIX='$PREFIX'"
##############################################
arb-6.0.6/GDEHELP/genhelptree.sh-29- while [ \! -z "$1" ]; do
arb-6.0.6/GDEHELP/genhelptree.sh:30: SUBBASE=`echo $1 | $SED -e 's/^.*\///'`
arb-6.0.6/GDEHELP/genhelptree.sh:31: ESCAPED_SUBBASE=`echo $SUBBASE | $SED -e 's/\./_/'`
arb-6.0.6/GDEHELP/genhelptree.sh-32- echo " - LINK{agde_${BASE}_sub_${ESCAPED_SUBBASE}.hlp}"
##############################################
arb-6.0.6/GDEHELP/genhelptree.sh-40-while [ \! -z "$1" ]; do
arb-6.0.6/GDEHELP/genhelptree.sh:41: SUBBASE=`echo $1 | $SED -e 's/^.*\///'`
arb-6.0.6/GDEHELP/genhelptree.sh:42: ESCAPED_SUBBASE=`echo $SUBBASE | $SED -e 's/\./_/'`
arb-6.0.6/GDEHELP/genhelptree.sh-43- ./genhelp.sh $PREFIX/${BASE}_sub_$ESCAPED_SUBBASE.help "$SUBBASE" $HEADER $1
##############################################
arb-6.0.6/GDEHELP/pp.pl-252-
arb-6.0.6/GDEHELP/pp.pl:253:sub include($) {
arb-6.0.6/GDEHELP/pp.pl-254- my ($spec) = @_;
##############################################
arb-6.0.6/GDEHELP/pp.pl-290- my $oline = $.;
arb-6.0.6/GDEHELP/pp.pl:291: eval { include($rest); };
arb-6.0.6/GDEHELP/pp.pl-292- $. = $oline;
##############################################
arb-6.0.6/HELP_SOURCE/quietly.pl-27-
arb-6.0.6/HELP_SOURCE/quietly.pl:28:my $tool_out = `$tool_command`;
arb-6.0.6/HELP_SOURCE/quietly.pl-29-if ($? == -1) { die "Failed to execute '$tool_command'" }
##############################################
arb-6.0.6/PERL2ARB/Makefile.main-113- ( \
arb-6.0.6/PERL2ARB/Makefile.main:114: echo "system('perl $< \"$(used_cflags)\" \"$(used_lflags)\"');" \
arb-6.0.6/PERL2ARB/Makefile.main-115- ) > $@
##############################################
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/ARBTOOLS/import_from_table.pl-284- $report =~ s/\n$//;
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/ARBTOOLS/import_from_table.pl:285: `arb_message "$report"`;
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/ARBTOOLS/import_from_table.pl-286- }
##############################################
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/ARBTOOLS/import_from_table.pl-302- $error =~ s/: /:\n/g; # wrap error to multiple lines for ARB
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/ARBTOOLS/import_from_table.pl:303: `arb_message "$error";`;
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/ARBTOOLS/import_from_table.pl-304- }
##############################################
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/ARBTOOLS/raxml2arb.pl-24- print "Message: $msg\n";
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/ARBTOOLS/raxml2arb.pl:25: system("arb_message \"$msg\"");
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/ARBTOOLS/raxml2arb.pl-26-}
##############################################
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/ARBTOOLS/raxml2arb.pl-268-
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/ARBTOOLS/raxml2arb.pl:269: system($command)==0 || die "can't execute '$command' (Reason: $?)";
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/ARBTOOLS/raxml2arb.pl-270- }
##############################################
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/ARBTOOLS/raxml2arb.pl-302- my $command = 'arb_echo y | consense';
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/ARBTOOLS/raxml2arb.pl:303: system($command)==0 || die "can't execute '$command' (Reason: $?)";
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/ARBTOOLS/raxml2arb.pl-304-
##############################################
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/ARBTOOLS/raxml2arb.pl-311- if (-f $infofile) { $command .= ' -commentFromFile '.$infofile; }
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/ARBTOOLS/raxml2arb.pl:312: system($command)==0 || die "can't execute '$command' (Reason: $?)";
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/ARBTOOLS/raxml2arb.pl-313- }
##############################################
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/MACROS/with_all_marked.pl-40- my $cmd = "perl '$macroName'";
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/MACROS/with_all_marked.pl:41: system($cmd)==0 || die "Error: failed to execute '$cmd'";
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/MACROS/with_all_marked.pl-42-
##############################################
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/MACROS/with_all_marked.pl-151- my $cmd = "arb_message \"$errEsc\"";
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/MACROS/with_all_marked.pl:152: system($cmd)==0 || print "failed to execute '$cmd'";
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/MACROS/with_all_marked.pl-153- }
##############################################
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/test/testScripts.pl-91- # print "\ntest='$test'\n";
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/test/testScripts.pl:92: my $result = `$test`;
arb-6.0.6/PERL_SCRIPTS/test/testScripts.pl-93- if (convertErrors($result)) {
##############################################
arb-6.0.6/SH/arb-6-err () {
arb-6.0.6/SH/arb:7: echo "`basename $0`: $@" 1>&2
arb-6.0.6/SH/arb-8- exit 1
##############################################
arb-6.0.6/SH/arb_clean-8- local PIDFILE=$1
arb-6.0.6/SH/arb_clean:9: kill -9 `cat $PIDFILE` >/dev/null 2>&1
arb-6.0.6/SH/arb_clean-10- remove $PIDFILE
##############################################
arb-6.0.6/SH/arb_installubuntu4arb.sh-111- test -f $ARB_PACKAGES && rm $ARB_PACKAGES
arb-6.0.6/SH/arb_installubuntu4arb.sh:112: PACKAGES=`$0 echo $1`
arb-6.0.6/SH/arb_installubuntu4arb.sh:113: ALLPACKAGES=`echo $PACKAGES;test -f $ARB_PACKAGES && cat $ARB_PACKAGES`
arb-6.0.6/SH/arb_installubuntu4arb.sh:114: echo "Packages needed for '$1': `echo $ALLPACKAGES | wc -w`"
arb-6.0.6/SH/arb_installubuntu4arb.sh-115- # listwords $PACKAGES
##############################################
arb-6.0.6/SH/arb_installubuntu4arb.sh-121- if [ -f $ARB_PACKAGES ]; then
arb-6.0.6/SH/arb_installubuntu4arb.sh:122: echo "Packages provided by ARB developers: `cat $ARB_PACKAGES | wc -w`"
arb-6.0.6/SH/arb_installubuntu4arb.sh:123: listwords `cat $ARB_PACKAGES`
arb-6.0.6/SH/arb_installubuntu4arb.sh-124- DISTRIB=`cat /etc/lsb-release | grep DISTRIB_CODENAME | perl -npe 's/^.*=//'`
##############################################
arb-6.0.6/SH/arb_installubuntu4arb.sh-127- apt-get install \
arb-6.0.6/SH/arb_installubuntu4arb.sh:128: `cat $ARB_PACKAGES` \
arb-6.0.6/SH/arb_installubuntu4arb.sh-129- || ( \
##############################################
arb-6.0.6/SH/arb_panic-10- separator ERROR 1>&2
arb-6.0.6/SH/arb_panic:11: echo "`basename $0`: $@" 1>&2
arb-6.0.6/SH/arb_panic-12- exit 1
##############################################
arb-6.0.6/SH/arb_panic-25- if [ ! -L "$i" ] ; then
arb-6.0.6/SH/arb_panic:26: /bin/echo " - >" `ls $i` "<";
arb-6.0.6/SH/arb_panic-27- fi
##############################################
arb-6.0.6/SH/arb_panic-46-ok=false
arb-6.0.6/SH/arb_panic:47:for i in `cat $TMPDIR/arb_pids_${USER}_${ARB_PID}`; do
arb-6.0.6/SH/arb_panic-48- echo "[Sending SIGHUP to pid $i]"
##############################################
arb-6.0.6/SH/arb_phyml-12- else
arb-6.0.6/SH/arb_phyml:13: echo "m `switchmodel $[$1-1]`"
arb-6.0.6/SH/arb_phyml-14- fi
##############################################
arb-6.0.6/SH/arb_phyml-53- ARGS=$INFILE
arb-6.0.6/SH/arb_phyml:54: SETMODEL=`switchmodel $MODEL`
arb-6.0.6/SH/arb_phyml-55- if [ "$DATATYPE" = "AA" ]; then
##############################################
arb-6.0.6/SH/arb_raxml-86- echo "$CMD"
arb-6.0.6/SH/arb_raxml:87: echo `$CMD > treefile.in`
arb-6.0.6/SH/arb_raxml-88- if [ \! -s treefile.in ]; then
##############################################
arb-6.0.6/SH/arb_rexec-22- sleep 1
arb-6.0.6/SH/arb_rexec:23: CURR=`execdate $EXECUTABLE`
arb-6.0.6/SH/arb_rexec-24- if [ $CURR -gt $THAN ]; then
##############################################
arb-6.0.6/SH/arb_rexec-33-main() {
arb-6.0.6/SH/arb_rexec:34: local EXECUTABLE=`which $1`
arb-6.0.6/SH/arb_rexec-35- shift
##############################################
arb-6.0.6/SH/arb_rexec-46- echo calling $EXECUTABLE $ARGS
arb-6.0.6/SH/arb_rexec:47: local STAMP=`execdate $EXECUTABLE`
arb-6.0.6/SH/arb_rexec-48- $EXECUTABLE $ARGS &
##############################################
arb-6.0.6/SH/dszmconnect.pl-119-
arb-6.0.6/SH/dszmconnect.pl:120:#exec ('netscape', $TMPOUT);
arb-6.0.6/SH/dszmconnect.pl-121-print "file://" . $TMPOUT;
##############################################
arb-6.0.6/SH/arb_launcher-67- do
arb-6.0.6/SH/arb_launcher:68: LINE=`read_line $NAMED_PIPE 2>/dev/null`
arb-6.0.6/SH/arb_launcher-69- if [[ ! -z "$LINE" ]]; then
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/arb_cleanup_patches.pl-34- my ($patchDir,$patch,$otherpatch) = @_;
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/arb_cleanup_patches.pl:35: my $diff = `diff $patchDir/$patch $patchDir/$otherpatch | wc -l`;
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/arb_cleanup_patches.pl-36- return ($diff>0);
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/arb_compiler_version.pl-22-
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/arb_compiler_version.pl:23: $dumpedVersion = `$compiler -dumpversion`;
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/arb_compiler_version.pl:24: $detailedVersion = `$compiler --version`;
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/arb_compiler_version.pl-25-
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/arb_create_patch.sh-42- if [ -e $RECENT_PATCH ]; then
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/arb_create_patch.sh:43: DIFF=`diff $PATCH $RECENT_PATCH | wc -l`
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/arb_create_patch.sh-44- INTER=DIFF
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/build_info.pl-144- print "------------------------------------------------------------ [svn diff]\n";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/build_info.pl:145: system('cd $ARBHOME;svn diff');
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/build_info.pl-146- print "------------------------------------------------------------\n";
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/build_info.pl-230- print "---------------------------------------- [start $file]\n";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/build_info.pl:231: system("cat $file");
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/build_info.pl-232- print "---------------------------------------- [end $file]\n";
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/build_info.pl-241- close(TMP);
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/build_info.pl:242: `$mv_if_diff '$tmp' '$file'`;
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/build_info.pl-243- if ($dumpFiles) { dumpFile($file); }
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/check_dirs_equal.sh-43-
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/check_dirs_equal.sh:44: local ISDIFF=`wc -l <$TMPFILE`
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/check_dirs_equal.sh-45- if [ "$ISDIFF" != "0" ]; then
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/check_dirs_equal.sh-77-
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/check_dirs_equal.sh:78: local FILES1=`get_files $D1 "$WILDCARD"`
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/check_dirs_equal.sh:79: local FILES2=`get_files $D2 "$WILDCARD"`
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/check_dirs_equal.sh-80-
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/check_dirs_equal.sh-93-
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/check_dirs_equal.sh:94: local NEWFILES=`get_files $NEWDIR "$WILDCARD"`
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/check_dirs_equal.sh-95-
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/check_same_compiler_version.pl-45- my $command = "mv $obsoleteVersion $currVersion";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/check_same_compiler_version.pl:46: system("$command") ==0 || die "can't execute '$command' (Reason: $?)";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/check_same_compiler_version.pl-47- }
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/check_same_compiler_version.pl-49- my $command = "cat $lastVersion";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/check_same_compiler_version.pl:50: system("$command") ==0 || die "can't execute '$command' (Reason: $?)";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/check_same_compiler_version.pl-51- print "- Your current compiler version is '$name $version'.\n";
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/dependency_graphs.pl-24- my ($cmd) = @_;
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/dependency_graphs.pl:25: system($cmd)==0 || die "error calling '$cmd'";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/dependency_graphs.pl-26-}
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/dependency_graphs.pl-31- else { chomp; s/^\.\///; $_; }
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/dependency_graphs.pl:32: } `cd $ARBHOME;find . -name "needs_libs*"`;
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/dependency_graphs.pl-33-
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/generate_all_links.sh-7-finderr() {
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/generate_all_links.sh:8: FOUND=`grep -Hn "$1" $SELF | perl -ne '/^[^:]+:[^:]+:/; print $&."[here]\n";'`
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/generate_all_links.sh-9- if [ -z "$FOUND" ]; then
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/generate_all_links.sh-44- # $2 link
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/generate_all_links.sh:45: local LINKTARGET=`$READLINK -f $2`
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/generate_all_links.sh:46: local LINKDIR=`dirname $2`
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/generate_all_links.sh:47: local TARGET=`$READLINK -f $LINKDIR/$1`
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/generate_all_links.sh-48-
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/generate_all_links.sh-81-
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/generate_all_links.sh:82: DIR=`dirname $2`
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/generate_all_links.sh-83- if [ -z $DIR ]; then
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/grepx.pl-255- my $full = $indir.'/'.$file;
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/grepx.pl:256: my $type = `file $full`; # detect filetype
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/grepx.pl-257- chomp $type;
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/make_java_dependencies.sh-25- for JAVA in *.java; do
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/make_java_dependencies.sh:26: BASE=`basename $JAVA .java`
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/make_java_dependencies.sh:27: DEPEND=`find_deps_for $BASE | append_dep $BASE.java`
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/make_java_dependencies.sh-28- echo "$DEPEND"
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/mv_if_diff-12-if [ -f "$2" ]; then
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/mv_if_diff:13: DIFF=`diff $1 $2 | wc -l`
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/mv_if_diff-14- if [ $DIFF = 0 ] ; then
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/needed_libs.pl-700- print STDERR $cmd."\n";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/needed_libs.pl:701: system($cmd)==0 || die "Failed to execute '$cmd'";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/needed_libs.pl-702-
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/provide_libs.pl-88- print "Updating $dest\n";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/provide_libs.pl:89: system($command)==0 || die "Failed to execute '$command' (Reason: $?)";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/provide_libs.pl-90- }
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/remake_after_change.pl-125- my $cmd = $SOURCE_TOOLS.'/needed_libs.pl -F -U -I -T '.$_;
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/remake_after_change.pl:126: my $base_targets = `$cmd`;
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/remake_after_change.pl-127- chomp($base_targets);
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/remake_after_change.pl-170- my $cmd = "cd $ARBHOME;make";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/remake_after_change.pl:171: system($cmd);
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/remake_after_change.pl-172- exit(1);
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/remake_after_change.pl-204- my ($cmd) = @_;
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/remake_after_change.pl:205: if (system($cmd)!=0) { die "could not execute '$cmd'"; }
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/remake_after_change.pl-206- if ($? == -1) { die "could not execute '$cmd'"; }
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/remake_after_change.pl-316- print "[Make: '$makecmd']\n";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/remake_after_change.pl:317: system($makecmd)==0 || die "error executing '$makecmd' (exitcode=$?)\n";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/remake_after_change.pl-318- print "remake[3]: Leaving directory `$ARBHOME'\n";
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/show_globals.sh-4- if [ \! -z $1 ]; then
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/show_globals.sh:5: DIR=`dirname $1`
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/show_globals.sh-6- echo $DIR:0: list of globals in $1
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/show_globals.sh-12-
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/show_globals.sh:13:show_globals `find $ARBHOME -name "*.a"`
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/show_globals.sh-14-
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/svn_apply_ignores.pl-26- my $cmd = "svn pe svn:ignore $rel --editor-cmd \"$SELF --dopropedit $full \"";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/svn_apply_ignores.pl:27: system($cmd)==0 || die "can't execute '$cmd' (Reason: $?)";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/svn_apply_ignores.pl-28-}
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/svn_undo_depends.pl-157- my $cmd = "$ARBHOME/SOURCE_TOOLS/arb_create_patch.sh b4undodepends";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/svn_undo_depends.pl:158: system($cmd)==0 || die "error executing '$cmd' (result=$?)";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/svn_undo_depends.pl-159- }
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/tabBrake.pl-96- my ($file) = @_;
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/tabBrake.pl:97: my $has_tabs = `grep -m 1 -n -H '\t' $file`;
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/tabBrake.pl-98-
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/tabBrake.pl-208- $scan==-1 || die "logic error";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/tabBrake.pl:209: my $file_says = `file $full`;
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/tabBrake.pl-210- if ($file_says =~ /^[^:]+:[ ]*(.*)$/) {
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/tabBrake.pl-287-if ($exitcode==0) {
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/tabBrake.pl:288: `touch $time_stamp`; # mark time of last try
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/tabBrake.pl-289- # i.e. user inserts TAB to file -> fail once
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/touch_modified.pl-41- print '['.$touch_cmd."]\n";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/touch_modified.pl:42: system($touch_cmd);
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/touch_modified.pl-43- $handled = 1;
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/update_config_makefile.pl-140- my $cmd = "cp -p '$src' '$dest'";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/update_config_makefile.pl:141: system($cmd)==0 || die "Failed to execute '$cmd' (result=$?)";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/update_config_makefile.pl-142- }
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/update_config_makefile.pl-147- my $cmd = "cp -p '$dest' '$backup'";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/update_config_makefile.pl:148: system($cmd)==0 || die "Failed to execute '$cmd' (result=$?)";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/update_config_makefile.pl-149-
##############################################
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/update_config_makefile.pl-153- $cmd = "cp -p '$new' '$dest'";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/update_config_makefile.pl:154: system($cmd)==0 || die "Failed to execute '$cmd' (result=$?)";
arb-6.0.6/SOURCE_TOOLS/update_config_makefile.pl-155-
##############################################
arb-6.0.6/TEMPLATES/valgrind.h-171- complete inline asm, since it needs to be combined with more magic
arb-6.0.6/TEMPLATES/valgrind.h:172: inline asm stuff to be useful.
arb-6.0.6/TEMPLATES/valgrind.h-173-*/
##############################################
arb-6.0.6/UNIT_TESTER/gcov2msg.sh-45- show_coverage $FULLUNITDIR && \
arb-6.0.6/UNIT_TESTER/gcov2msg.sh:46: show_coverage_otherdir `dirname $FULLUNITDIR`/PROBE_COM
arb-6.0.6/UNIT_TESTER/gcov2msg.sh-47- else
##############################################
arb-6.0.6/UNIT_TESTER/reporter.pl-45- if (shall_run_slow() and not $tests_failed) {
arb-6.0.6/UNIT_TESTER/reporter.pl:46: system("touch $slow_stamp");
arb-6.0.6/UNIT_TESTER/reporter.pl-47- }
##############################################
arb-6.0.6/UNIT_TESTER/reporter.pl-79- my $cmd = '(cd ../SOURCE_TOOLS; make valgrind_update)';
arb-6.0.6/UNIT_TESTER/reporter.pl:80: system($cmd)==0 || die "failed to execute '$cmd' (Reason: $?)";
arb-6.0.6/UNIT_TESTER/reporter.pl-81- }
##############################################
arb-6.0.6/arb_install.sh-6- echo "********************************* ERROR ***********************" 1>&2
arb-6.0.6/arb_install.sh:7: echo "`basename $0`: $@" 1>&2
arb-6.0.6/arb_install.sh-8- echo "***************************** END OF ERROR ********************" 1>&2
##############################################
arb-6.0.6/lib/macros/_dolog.amc-39- my $cmd = "cp -p $last_logged $backup";
arb-6.0.6/lib/macros/_dolog.amc:40: system($cmd)==0 || die "Failed to execute '$cmd'";
arb-6.0.6/lib/macros/_dolog.amc-41- }
##############################################
arb-6.0.6/lib/rna3d/Ecoli_1C2W_23S_rRNA.pdb-11-SOURCE 3 ORGANISM_COMMON: INTESTINE BACTERIA;
arb-6.0.6/lib/rna3d/Ecoli_1C2W_23S_rRNA.pdb:12:SOURCE 4 CELLULAR_LOCATION: CYTOPLASM
arb-6.0.6/lib/rna3d/Ecoli_1C2W_23S_rRNA.pdb-13-KEYWDS 23S RRNA, RIBOSOME, LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT, ATOMIC PROTEIN
##############################################
arb-6.0.6/lib/rna3d/Ecoli_1C2X_5S_rRNA.pdb-11-SOURCE 3 ORGANISM_COMMON: INTESTINE BACTERIA;
arb-6.0.6/lib/rna3d/Ecoli_1C2X_5S_rRNA.pdb:12:SOURCE 4 CELLULAR_LOCATION: CYTOPLASM
arb-6.0.6/lib/rna3d/Ecoli_1C2X_5S_rRNA.pdb-13-KEYWDS 5S RRNA, 23S RRNA, RIBOSOME, LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT,
##############################################
arb-6.0.6/util/arb_compile.sh-103-BASEDIR=`pwd`
arb-6.0.6/util/arb_compile.sh:104:BASENAME=`basename $0 | perl -pne 's/.sh//'`
arb-6.0.6/util/arb_compile.sh-105-
##############################################
arb-6.0.6/util/arb_fig-35- expandfigs $* | editlines
arb-6.0.6/util/arb_fig:36: FIG=`find $ARBHOME/lib/pictures -name "$FNAME"`
arb-6.0.6/util/arb_fig-37- fi
##############################################
arb-6.0.6/util/arb_xpm-35- expandxpms $* | editlines
arb-6.0.6/util/arb_xpm:36: XPM=`find $ARBHOME/lib/pixmaps -name "$XNAME"`
arb-6.0.6/util/arb_xpm-37- fi
##############################################
arb-6.0.6/debian/arb-common.config-15-## This returns the group including the members of the group which are needed later
arb-6.0.6/debian/arb-common.config:16:TESTGROUP=`getent group ${GROUP}` || true
arb-6.0.6/debian/arb-common.config-17-if [ -z "${TESTGROUP}" ] ; then
##############################################
arb-6.0.6/debian/arb-common.config-36- if [ $uid -ge $FIRST_UID -a "$user" != "" ] ; then
arb-6.0.6/debian/arb-common.config:37: name=`echo $name | sed "s/,.*//"`
arb-6.0.6/debian/arb-common.config-38- echo "$user ($name)" >> ${TMPFILE}
##############################################
arb-6.0.6/debian/arb-common.config-44-# Login names of all users of the system as comma separated list
arb-6.0.6/debian/arb-common.config:45:USERS=`sort -u "${TMPFILE}" | tr '\n' ',' | sed 's/,/&\ /g' | sed 's/, *$//g'`
arb-6.0.6/debian/arb-common.config-46-
##############################################
arb-6.0.6/debian/arb-common.config-48-if [ "$PROGUSERS" != "none" ] ; then
arb-6.0.6/debian/arb-common.config:49: PROGUSERS=`echo "${TESTGROUP}" | sed "s/.*:\([^:]*\)/\1/" | tr ',' '\n'`
arb-6.0.6/debian/arb-common.config-50- # check whether the TESTGROUP contains any user or is just empty
##############################################
arb-6.0.6/debian/arb-common.config-57- mv "$TMPFILE2" "$TMPFILE"
arb-6.0.6/debian/arb-common.config:58: PROGUSERS=`sort -u "${TMPFILE}" | tr '\n' ',' | sed 's/,/&\ /g' | sed 's/, *$//g'`
arb-6.0.6/debian/arb-common.config-59- fi
##############################################
arb-6.0.6/debian/arb-common.postinst-13-
arb-6.0.6/debian/arb-common.postinst:14:CURRENTGROUPUSERS=`getent group ${GROUP} | sed "s/.*:\([^:]*\)/\1/" | tr ',' '\n'`
arb-6.0.6/debian/arb-common.postinst-15-
arb-6.0.6/debian/arb-common.postinst-16-# Add those users which were selected but are not yet in the group
arb-6.0.6/debian/arb-common.postinst:17:for user in `echo "$retusers" | sed "s/([^)]*)//g" | sed "s/ //g" | tr ',' '\n'` ; do
arb-6.0.6/debian/arb-common.postinst:18: if ! `echo "${CURRENTGROUPUSERS}" | grep -q -w "$user"` ; then
arb-6.0.6/debian/arb-common.postinst-19- adduser $user $GROUP
##############################################
arb-6.0.6/debian/arb-common.postinst-24-for user in ${CURRENTGROUPUSERS} ; do
arb-6.0.6/debian/arb-common.postinst:25: if ! `echo "$retusers" | grep -q -w "$user"` && \
arb-6.0.6/debian/arb-common.postinst:26: `getent group "$GROUP" | grep -q -w $user` ; then
arb-6.0.6/debian/arb-common.postinst-27- deluser $user $GROUP
##############################################
arb-6.0.6/debian/arb.postinst-8-## Add group ${PROG} if not existent
arb-6.0.6/debian/arb.postinst:9:TESTGROUP="`getent group ${GROUP}`" || true
arb-6.0.6/debian/arb.postinst-10-if [ -z "${TESTGROUP}" ] ; then
##############################################
arb-6.0.6/debian/arb.postinst-21-fi
arb-6.0.6/debian/arb.postinst:22:if [ ! -L ${ARBLIBDIR}/`basename ${CONFFILE}` ] ; then
arb-6.0.6/debian/arb.postinst:23: ln -s ${CONFFILE} ${ARBLIBDIR}/`basename ${CONFFILE}`
arb-6.0.6/debian/arb.postinst-24-fi
##############################################
arb-6.0.6/.pc/20_upstream_r12794__socket_permissions/SH/arb_launcher-67- do
arb-6.0.6/.pc/20_upstream_r12794__socket_permissions/SH/arb_launcher:68: LINE=`read_line $NAMED_PIPE 2>/dev/null`
arb-6.0.6/.pc/20_upstream_r12794__socket_permissions/SH/arb_launcher-69- if [[ ! -z "$LINE" ]]; then
##############################################
arb-6.0.6/.pc/70_skip_compler_version_check.patch/Makefile-532-# only use for gcc versions between 4.3 and <4.7 (4.7++ adds -Wc++11-compat above)
arb-6.0.6/.pc/70_skip_compler_version_check.patch/Makefile:533:HAVE_GNUPP0X=`SOURCE_TOOLS/requireVersion.pl 4.3 $(COMPILER_VERSION)`
arb-6.0.6/.pc/70_skip_compler_version_check.patch/Makefile-534- ifeq ($(HAVE_GNUPP0X),1)
##############################################
arb-6.0.6/.pc/80_enable_new_dtags.patch/Makefile-532-# only use for gcc versions between 4.3 and <4.7 (4.7++ adds -Wc++11-compat above)
arb-6.0.6/.pc/80_enable_new_dtags.patch/Makefile:533:HAVE_GNUPP0X=`SOURCE_TOOLS/requireVersion.pl 4.3 $(COMPILER_VERSION)`
arb-6.0.6/.pc/80_enable_new_dtags.patch/Makefile-534- ifeq ($(HAVE_GNUPP0X),1)
##############################################
arb-6.0.6/Makefile-532-# only use for gcc versions between 4.3 and <4.7 (4.7++ adds -Wc++11-compat above)
arb-6.0.6/Makefile:533:HAVE_GNUPP0X=`SOURCE_TOOLS/requireVersion.pl 4.3 $(COMPILER_VERSION)`
arb-6.0.6/Makefile-534- ifeq ($(HAVE_GNUPP0X),1)