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grep rough audit - static analysis tool
v2.8 written by @Wireghoul
=================================[justanotherhacker.com]===
mafft-7.471/core/seekquencer_premafft.tmpl-460-
mafft-7.471/core/seekquencer_premafft.tmpl:461: `$command`;
mafft-7.471/core/seekquencer_premafft.tmpl-462- return ($? == -1) ? 0 : 1;
##############################################
mafft-7.471/core/mafftash_premafft.tmpl-398-
mafft-7.471/core/mafftash_premafft.tmpl:399: `$command`;
mafft-7.471/core/mafftash_premafft.tmpl-400- return ($? == -1) ? 0 : 1;
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-2-er=0;
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:3:myself=`dirname "$0"`/`basename "$0"`; export myself
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-4-version="v7.471 (2020/Jul/3)"; export version
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-6-os=`uname`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:7:progname=`basename "$0"`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-8-windows="no"
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:9:if [ `echo $os | grep -i cygwin` ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-10- os="cygwin"
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-11- windows="yes"
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:12:elif [ `echo $os | grep -i msys` ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-13- os="msys"
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-14- windows="yes"
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:15:elif [ `echo $os | grep -i mingw` ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-16- os="mingw"
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-17- windows="yes"
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:18:elif [ `echo $os | grep -i darwin` ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-19- os="darwin"
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:20:elif [ `echo $os | grep -i sunos` ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-21- os="sunos"
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:22:elif [ `echo $os | grep -i linux` ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-23- os="linux"
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-50-if [ -x "$prefix/version" ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:51:# versionbin=`"$prefix/version" | awk '{print $1}'` # for cygwin
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:52: versionbin=`"$prefix/version"` # for cygwin 2.7
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-53- else
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-354- shift
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:355: namelength=`expr "$1" - 0`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-356- if ! expr "$1" : "[0-9]" > /dev/null ; then
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-361- shift
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:362: groupsize=`expr "$1" - 0`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-363- if ! expr "$1" : "[0-9]" > /dev/null ; then
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-368- shift
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:369: partsize=`expr "$1" - 0`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-370- if ! expr "$1" : "[0-9]" > /dev/null ; then
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-547- fi
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:548: maxanchorseparation=`expr "$1" - 0`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-549- elif [ "$1" = "--anchors" ]; then
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-565- fi
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:566: numthreads=`expr "$1" - 0`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-567- elif [ "$1" = "--threadtb" ]; then
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-572- fi
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:573: numthreadstb=`expr "$1" - 0`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-574- elif [ "$1" = "--threadit" ]; then
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-579- fi
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:580: numthreadsit=`expr "$1" - 0`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-581- elif [ "$1" = "--last_subopt" ]; then
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-586- shift
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:587: last_m=`expr "$1" - 0`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-588- elif [ "$1" = "--last_e" ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-589- shift
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:590: last_e=`expr "$1" - 0`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-591- elif [ "$1" = "--randomseed" ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-592- shift
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:593: randomseed=`expr "$1" - 0`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-594- elif [ "$1" = "--bestfirst" ]; then
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-654- shift
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:655: iterate=`expr "$1" - 0`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-656- if ! expr "$1" : "[0-9]" > /dev/null ; then
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-661- shift
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:662: cycle=`expr "$1" - 0`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-663- if ! expr "$1" : "[0-9]" > /dev/null ; then
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-844- tmpval="$1"
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:845: gexp=`awk "BEGIN{ print -1.0 * \"$tmpval\"}"`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-846- if ! expr "$gexp" : "[0-9\-]" > /dev/null ; then
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-854- tmpval="$1"
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:855: aof=`awk "BEGIN{ print -1.0 * \"$tmpval\"}"`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-856- if ! expr "$aof" : "[0-9\-]" > /dev/null ; then
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-989- if [ "$1" -gt 0 ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:990: cycle=`expr "$1" - 0`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-991- fi
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1018-
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1019: TMPFILE=`env TMPDIR="$MAFFT_TMPDIR" mktemp -dt "$progname.XXXXXXXXXX"`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1020- if [ $? -ne 0 ]; then
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1022- mkdir -p "$MAFFT_TMPDIR/tmp" 1>&2
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1023: TMPFILE=`mktemp -d "$MAFFT_TMPDIR/tmp/$progname.XXXXXXXXXX"`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1024- fi
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1029- if [ $os = "cygwin" ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1030: TMPFILE=`cygpath -w "$TMPFILE"` # necessary to pass path to f2cl on cyswin, somehow unnecessary in msys.
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1031- fi
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1111- fi
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1112: seednseq=$seednseq" "`grep -c '^[>|=]' "$TMPFILE/seed$#"`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1113- seedfilesintmp=$seedfilesintmp" "seed$#
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1134- nlogicalcore=`cat /proc/cpuinfo | grep "^processor" | uniq | wc -l`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1135: ncoresinacpu=`cat /proc/cpuinfo | grep 'cpu cores' | uniq | awk '{print $4}'`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1136- nphysicalcpu=`cat /proc/cpuinfo | grep 'physical id' | sort | uniq | wc -l`
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1141- if [ ${#ncoresinacpu} -gt 0 -a $nphysicalcpu -gt 0 ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1142: numthreads=`expr $ncoresinacpu '*' $nphysicalcpu`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1143-# if [ $nlogicalcore -gt $numthreads ]; then # Hyperthreading
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1144:# numthreads=`expr $numthreads '+' 1`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1145-# fi
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1156-# if [ $nlogicalcore -gt $numthreads ]; then # Hyperthreading
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1157:# numthreads=`expr $numthreads '+' 1`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1158-# fi
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1159- elif [ "$windows" = "yes" ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1160:# numthreads=`wmic cpu get NumberOfCores | head -2 | tail -1 | awk '{print $1}'`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1161: numthreads=`wmic cpu get NumberOfCores | awk 'BEGIN{n=0} {n+=$1} END{print n}'`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1162-
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1195- "$prefix/countlen" < "$TMPFILE/_addfile" > "$TMPFILE/addsize" 2>>"$progressfile"
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1196: nadd=`awk '{print $1}' "$TMPFILE/addsize"`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1197- if [ $nadd -eq "0" ]; then
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1211- "$prefix/countlen" < "$TMPFILE/infile" > "$TMPFILE/size" 2>>"$progressfile"
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1212: nseq=`awk '{print $1}' "$TMPFILE/size"`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1213: nlen=`awk '{print $3}' "$TMPFILE/size"`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1214-
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1301- if [ $fragment -ne 0 ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1302: norg=`expr $nseq '-' $nadd`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1303: npair=`expr $norg '*' $nadd`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1304- echo "nadd = " $nadd 1>>"$progressfile"
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1324-
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1325: if [ `awk "BEGIN {print( 0.0+\"$sueff\" < 0.0 || 0.0+\"$sueff\" > 1.0 )}"` -gt 0 ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1326- printf "\n%s\n\n" "The argument of --mixedlinkage must be between 0.0 and 1.0" 1>>"$progressfile"
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1342-
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1343: if [ $unalignlevel != "0.0" -o `awk "BEGIN {print( 0.0+\"$spfactor\" < 100.0 )}"` -gt 0 ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1344- nmodel=" -: "
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1351- fi
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1352: if [ $distance != "global" -o `awk "BEGIN {print( 0.0+\"$weighti\" < 1.0 )}"` -gt 0 ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1353- printf "\n%s\n\n" "At present, --unalignlevel # or --allowshift is supported only with the --globalpair option." 1>>"$progressfile"
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1361-
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1362: if [ `awk "BEGIN {print( 0.0+\"$spfactor\" < 1.0 )}"` -gt 0 ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1363- printf "\n%s\n" "shiftpenalty must be >1." 1>>"$progressfile"
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1366-
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1367: if [ `awk "BEGIN {print( 0.0+\"$fixthreshold\" < 0.0 )}"` -gt 0 ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1368- printf "\n%s\n\n" "The 'fix' parameter must be >= 0.0" 1>>"$progressfile"
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1371-
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1372: if [ `awk "BEGIN {print( 0.0+\"$unalignlevel\" < 0.0 || 0.0+\"$unalignlevel\" > 1.0 )}"` -gt 0 ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1373- printf "\n%s\n\n" "The 'unalignlevel' parameter must be between 0.0 and 1.0" 1>>"$progressfile"
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1375- fi
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1376: if [ `awk "BEGIN {print( 0.0+\"$unalignlevel\" > 0.0 )}"` -gt 0 ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1377- laof="0"
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1398- fi
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1399:# if [ $distance != "ktuples" -a `awk "BEGIN {print( 0.0+\"$weighti\" > 0.0 )}"` -gt 0 -a $iterate -gt 0 ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1400-# printf "\n%s\n\n" "Please add --weighti 0.0, for now." 1>>"$progressfile"
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1404-
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1405: if [ `awk "BEGIN {print( 0.0+\"$similarityoffset\" != 0.0 && 0.0+\"$unalignlevel\" != 0.0 )}"` -gt 0 ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1406- printf "\n%s\n\n" "Do not simultaneously specify --similaritylevel and --unalignlevel" 1>>"$progressfile"
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1409-
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1410: if [ `awk "BEGIN {print( 0.0+\"$similarityoffset\" < -1.0 || 0.0+\"$similarityoffset\" > 1.0 )}"` -gt 0 ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1411- printf "\n%s\n\n" "Similarity must be between -1.0 and +1.0" 1>>"$progressfile"
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1413- fi
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1414: aof=`awk "BEGIN{print 0.0 + \"$similarityoffset\" + $aof}"`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1415: laof=`awk "BEGIN{print 0.0 + \"$similarityoffset\" + $laof}"`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1416: pgaof=`awk "BEGIN{print 0.0 + \"$similarityoffset\" + $pgaof}"`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1417-
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1477-# echo "" 1>&2
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1478:# echo " Usage: `basename $0` [options] inputfile > outputfile" 1>&2
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1479- echo " https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/" 1>&2
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1733-
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1734: formatcheck=`grep -c '^[[:blank:]]\+>' "$TMPFILE/infile" | head -1 `
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1735- if [ $formatcheck -gt 0 ]; then
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1742-
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:1743: nseq=`grep -c '^[>|=]' "$TMPFILE/infile" | head -1 `
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-1744- if [ $nseq -eq 2 ]; then
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-2088- fi
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:2089:# if [ `echo "$weighti>0.0" | bc` -gt 0 ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:2090: if [ `awk "BEGIN {print(0.0+\"$weighti\">0.0)}"` -gt 0 ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-2091- strategy=$strategy"I"
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-2302-# echo "$1"
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:2303: seedoffset=`expr $seedoffset + $1`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-2304-# echo "$1"
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-2316- elif [ $newdash -eq 1 ]; then
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:2317: seemstobe=`"$prefix/countlen" -i infile | awk '{print $6}'`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-2318- if [ $seemstobe = "d" -a "x$seqtype" != "x-P" ]; then
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-2562- fi
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:2563: cycletbfast=`expr $cycletbfast - 1`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-2564- done
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-2721-
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:2722:#tmpawk=`which nawk 2>/dev/null | awk '{print $1}'`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-2723-#if [ -x "$tmpawk" ]; then
##############################################
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-2726-#
mafft-7.471/core/mafft.tmpl:2727:#tmpawk=`which gawk 2>/dev/null | awk '{print $1}'`
mafft-7.471/core/mafft.tmpl-2728-#if [ -x "$tmpawk" ]; then