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                                      .___ __  __   
          _________________  __ __  __| _/|__|/  |_ 
         / ___\_` __ \__  \ |  |  \/ __ | | \\_  __\
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        \___  /|__|  (____  /____/\____ | |__||__|  
       /_____/            \/           \/           
              grep rough audit - static analysis tool
                  v2.8 written by @Wireghoul
=================================[justanotherhacker.com]===
bwa-0.7.17/bwakit/run-HLA-14-for f in $1.HLA-*.fq; do
bwa-0.7.17/bwakit/run-HLA:15:	gene=`echo $f | perl -pe 's/^.*(HLA-[A-Z]+[0-9]*).*fq$/$1/'`
bwa-0.7.17/bwakit/run-HLA-16-	echo -e "\n*** Processing gene $gene...\n" >&2
bwa-0.7.17/bwakit/run-HLA:17:	`dirname $0`/typeHLA.sh $ctg_opt $1 $gene
bwa-0.7.17/bwakit/run-HLA-18-done
##############################################
bwa-0.7.17/bwakit/run-gen-ref-2-
bwa-0.7.17/bwakit/run-gen-ref:3:root=`dirname $0`
bwa-0.7.17/bwakit/run-gen-ref-4-
##############################################
bwa-0.7.17/bwakit/typeHLA.sh-15-preres="resource-human-HLA"
bwa-0.7.17/bwakit/typeHLA.sh:16:root=`dirname $0`
bwa-0.7.17/bwakit/typeHLA.sh-17-pre=$1.$2
##############################################
bwa-0.7.17/bwakit/typeHLA.sh-26-	echo "** De novo assembling..." >&2
bwa-0.7.17/bwakit/typeHLA.sh:27:	len=`$root/seqtk comp $pre.fq | awk '{++x;y+=$2}END{printf("%.0f\n", y/x)}'`
bwa-0.7.17/bwakit/typeHLA.sh-28-	$root/fermi2.pl unitig -f $root/fermi2 -r $root/ropebwt2 -t2 -l$len -p $pre.tmp $pre.fq > $pre.tmp.mak
##############################################
bwa-0.7.17/bwt_gen.c-161-
bwa-0.7.17/bwt_gen.c:162:static void BWTIncSetBuildSizeAndTextAddr(BWTInc *bwtInc)
bwa-0.7.17/bwt_gen.c-163-{
##############################################
bwa-0.7.17/bwt_gen.c-182-		if (maxBuildSize < CHAR_PER_WORD) {
bwa-0.7.17/bwt_gen.c:183:			fprintf(stderr, "BWTIncSetBuildSizeAndTextAddr(): Not enough space allocated to continue construction!\n");
bwa-0.7.17/bwt_gen.c-184-			exit(1);
##############################################
bwa-0.7.17/bwt_gen.c-195-	if (bwtInc->buildSize < CHAR_PER_WORD) {
bwa-0.7.17/bwt_gen.c:196:		fprintf(stderr, "BWTIncSetBuildSizeAndTextAddr(): Not enough space allocated to continue construction!\n");
bwa-0.7.17/bwt_gen.c-197-		exit(1);
##############################################
bwa-0.7.17/bwt_gen.c-1431-	// Set build size and text address for the next build
bwa-0.7.17/bwt_gen.c:1432:	BWTIncSetBuildSizeAndTextAddr(bwtInc);
bwa-0.7.17/bwt_gen.c-1433-	bwtInc->numberOfIterationDone++;
##############################################
bwa-0.7.17/bwt_gen.c-1478-
bwa-0.7.17/bwt_gen.c:1479:	BWTIncSetBuildSizeAndTextAddr(bwtInc);
bwa-0.7.17/bwt_gen.c-1480-
##############################################
bwa-0.7.17/debian/tests/run-unit-test-6-if [ "$AUTOPKGTEST_TMP" = "" ] ; then
bwa-0.7.17/debian/tests/run-unit-test:7:  AUTOPKGTEST_TMP=`mktemp -d /tmp/${pkg}-test.XXXXXX`
bwa-0.7.17/debian/tests/run-unit-test-8-fi