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                                      .___ __  __   
          _________________  __ __  __| _/|__|/  |_ 
         / ___\_` __ \__  \ |  |  \/ __ | | \\_  __\
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        \___  /|__|  (____  /____/\____ | |__||__|  
       /_____/            \/           \/           
              grep rough audit - static analysis tool
                  v2.8 written by @Wireghoul
=================================[justanotherhacker.com]===
r-bioc-rsamtools-2.6.0/inst/scripts/update-samtools.sh-29-
r-bioc-rsamtools-2.6.0/inst/scripts/update-samtools.sh:30:for f in `ls $dest0`; do
r-bioc-rsamtools-2.6.0/inst/scripts/update-samtools.sh-31-	echo "updating file $f"
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/inst/scripts/update-samtools.sh-33-done
r-bioc-rsamtools-2.6.0/inst/scripts/update-samtools.sh:34:for f in `ls $dest1`; do
r-bioc-rsamtools-2.6.0/inst/scripts/update-samtools.sh-35-	echo "updating file $f"
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/inst/scripts/update-samtools.sh-41-git clone $repos1 $unpack1
r-bioc-rsamtools-2.6.0/inst/scripts/update-samtools.sh:42:for f in `ls $dest2`; do
r-bioc-rsamtools-2.6.0/inst/scripts/update-samtools.sh-43-	echo "updating file $f"
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/inst/unitTests/test_phred2ASCIIOffset.R-1-test_phred2ASCIIOffset <- function() {
r-bioc-rsamtools-2.6.0/inst/unitTests/test_phred2ASCIIOffset.R:2:    schemes <- eval(formals(phred2ASCIIOffset)$scheme)
r-bioc-rsamtools-2.6.0/inst/unitTests/test_phred2ASCIIOffset.R-3-
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bambuffer.c-62-{
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bambuffer.c:63:    if (NULL == R_ExternalPtrAddr(ext))
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bambuffer.c-64-        return;
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bambuffer.c-66-    bambuffer_free(buf);
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bambuffer.c:67:    R_SetExternalPtrAddr(ext, NULL);
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bambuffer.c-68-}
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bambuffer.h-12-
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bambuffer.h:13:#define BAMBUFFER(b) ((BAM_BUFFER) R_ExternalPtrAddr(b))
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bambuffer.h-14-SEXP bambuffer_init();
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bamfile.c-53-{
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bamfile.c:54:    if (NULL == R_ExternalPtrAddr(ext))
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bamfile.c-55-        return;
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bamfile.c-58-    Free(bfile);
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bamfile.c:59:    R_SetExternalPtrAddr(ext, NULL);
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bamfile.c-60-}
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bamfile.h-22-
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bamfile.h:23:#define BAMFILE(b) ((BAM_FILE) R_ExternalPtrAddr(b))
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bamfile.h-24-
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bcffile.c-66-{
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bcffile.c:67:    if (R_ExternalPtrAddr(ext) == NULL)
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bcffile.c-68-        return;
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bcffile.c-71-    Free(bfile);
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bcffile.c:72:    R_SetExternalPtrAddr(ext, NULL);
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bcffile.c-73-}
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bcffile.h-13-
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bcffile.h:14:#define BCFFILE(b) ((_BCF_FILE *) R_ExternalPtrAddr(b))
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/bcffile.h-15-
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/fafile.c-23-{
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/fafile.c:24:    if (R_ExternalPtrAddr(ext) == NULL)
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/fafile.c-25-        return;
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/fafile.c-28-    Free(ffile);
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/fafile.c:29:    R_SetExternalPtrAddr(ext, NULL);
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/fafile.c-30-}
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/fafile.h-10-
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/fafile.h:11:#define FAFILE(f) ((_FA_FILE *) R_ExternalPtrAddr(f))
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/fafile.h-12-
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/tabixfile.c-75-{
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/tabixfile.c:76:    if (NULL == R_ExternalPtrAddr(ext))
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/tabixfile.c-77-        return;
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/tabixfile.c-80-    Free(tfile);
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/tabixfile.c:81:    R_SetExternalPtrAddr(ext, NULL);
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/tabixfile.c-82-}
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/tabixfile.c-370-    tbx_t *index = tfile->index;
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/tabixfile.c:371:    SCAN_FUN *scan = (SCAN_FUN *) R_ExternalPtrAddr(fun);
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/tabixfile.c-372-
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/tabixfile.h-12-
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/tabixfile.h:13:#define TABIXFILE(b) ((_TABIX_FILE *) R_ExternalPtrAddr(b))
r-bioc-rsamtools-2.6.0/src/tabixfile.h-14-
##############################################
r-bioc-rsamtools-2.6.0/debian/tests/run-unit-test-7-if [ "$AUTOPKGTEST_TMP" = "" ] ; then
r-bioc-rsamtools-2.6.0/debian/tests/run-unit-test:8:    AUTOPKGTEST_TMP=`mktemp -d /tmp/${debname}-test.XXXXXX`
r-bioc-rsamtools-2.6.0/debian/tests/run-unit-test-9-    trap "rm -rf $AUTOPKGTEST_TMP" 0 INT QUIT ABRT PIPE TERM