=========================================================== .___ __ __ _________________ __ __ __| _/|__|/ |_ / ___\_` __ \__ \ | | \/ __ | | \\_ __\ / /_/ > | \// __ \| | / /_/ | | || | \___ /|__| (____ /____/\____ | |__||__| /_____/ \/ \/ grep rough audit - static analysis tool v2.8 written by @Wireghoul =================================[justanotherhacker.com]=== sga-0.10.15/src/bin/sga-beetl-index.pl-145- print $cmd . "\n"; sga-0.10.15/src/bin/sga-beetl-index.pl:146: my $ret = system($cmd); sga-0.10.15/src/bin/sga-beetl-index.pl-147- if($ret != 0) ############################################## sga-0.10.15/src/bin/sga-call-variants.pl-71-# Write the version number to the log sga-0.10.15/src/bin/sga-call-variants.pl:72:my $version_string = `$SGA_BIN --version | head -1`; sga-0.10.15/src/bin/sga-call-variants.pl-73-print LOG "#Calling variants with: $version_string"; ############################################## sga-0.10.15/src/bin/sga-call-variants.pl-200- print LOG "$cmd\n"; sga-0.10.15/src/bin/sga-call-variants.pl:201: my $ret = system($cmd); sga-0.10.15/src/bin/sga-call-variants.pl-202- if($ret != 0) { ############################################## sga-0.10.15/src/bin/sga-call-variants.pl-256- while(my $program = shift) { sga-0.10.15/src/bin/sga-call-variants.pl:257: my $ret = system("/bin/bash -c \"hash $program\""); sga-0.10.15/src/bin/sga-call-variants.pl-258- if($ret != 0) { ############################################## sga-0.10.15/src/bin/sga-rename.pl-27- print $cmd . "\n"; sga-0.10.15/src/bin/sga-rename.pl:28: system($cmd); sga-0.10.15/src/bin/sga-rename.pl-29-} ############################################## sga-0.10.15/src/bin/sga-bam2de.pl-98- print "$c\n"; sga-0.10.15/src/bin/sga-bam2de.pl:99: system($c); sga-0.10.15/src/bin/sga-bam2de.pl-100-} ############################################## sga-0.10.15/src/bin/sga-bam2de.pl-105- while(my $program = shift) { sga-0.10.15/src/bin/sga-bam2de.pl:106: my $ret = system("/bin/bash -c \"hash $program\""); sga-0.10.15/src/bin/sga-bam2de.pl-107- if($ret != 0) { ############################################## sga-0.10.15/src/examples/sga-human-NA12878.txt-38-# Preprocess the raw data, which is assumed to be an a directory called input/ sga-0.10.15/src/examples/sga-human-NA12878.txt:39:for i in `ls ../input/reads.*.fastq`; do F=`basename $i .fastq`; submit "sga preprocess -o $F.pp.fastq --pe-mode 2 $i"; done; sga-0.10.15/src/examples/sga-human-NA12878.txt-40- ############################################## sga-0.10.15/src/examples/sga-human-NA12878.txt-196-# sga-0.10.15/src/examples/sga-human-NA12878.txt:197:for i in `ls *.fastq`; do F=`basename $i .fastq`; submit --cpu 8 --mem 12G "sga-align -t 8 --name $F final-contigs.fa $i"; done sga-0.10.15/src/examples/sga-human-NA12878.txt-198- ############################################## sga-0.10.15/src/configure.ac-78-AC_MSG_CHECKING(for host type) sga-0.10.15/src/configure.ac:79:host="`uname -a | awk '{print $1}'`"; sga-0.10.15/src/configure.ac-80-if test "$host" = Darwin;then ############################################## sga-0.10.15/.pc/0002-no-rpath.patch/src/configure.ac-78-AC_MSG_CHECKING(for host type) sga-0.10.15/.pc/0002-no-rpath.patch/src/configure.ac:79:host="`uname -a | awk '{print $1}'`"; sga-0.10.15/.pc/0002-no-rpath.patch/src/configure.ac-80-if test "$host" = Darwin;then ############################################## sga-0.10.15/.pc/0004-Add-help-to-sga-bam2de.pl.patch/src/bin/sga-bam2de.pl-90- print "$c\n"; sga-0.10.15/.pc/0004-Add-help-to-sga-bam2de.pl.patch/src/bin/sga-bam2de.pl:91: system($c); sga-0.10.15/.pc/0004-Add-help-to-sga-bam2de.pl.patch/src/bin/sga-bam2de.pl-92-} ############################################## sga-0.10.15/.pc/0004-Add-help-to-sga-bam2de.pl.patch/src/bin/sga-bam2de.pl-97- while(my $program = shift) { sga-0.10.15/.pc/0004-Add-help-to-sga-bam2de.pl.patch/src/bin/sga-bam2de.pl:98: my $ret = system("/bin/bash -c \"hash $program\""); sga-0.10.15/.pc/0004-Add-help-to-sga-bam2de.pl.patch/src/bin/sga-bam2de.pl-99- if($ret != 0) { ############################################## sga-0.10.15/.pc/no_enforcing_c++98.patch/src/configure.ac-78-AC_MSG_CHECKING(for host type) sga-0.10.15/.pc/no_enforcing_c++98.patch/src/configure.ac:79:host="`uname -a | awk '{print $1}'`"; sga-0.10.15/.pc/no_enforcing_c++98.patch/src/configure.ac-80-if test "$host" = Darwin;then