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        \___  /|__|  (____  /____/\____ | |__||__|  
       /_____/            \/           \/           
              grep rough audit - static analysis tool
                  v2.8 written by @Wireghoul
=================================[justanotherhacker.com]===
sga-0.10.15/src/bin/sga-beetl-index.pl-145-    print $cmd . "\n";
sga-0.10.15/src/bin/sga-beetl-index.pl:146:    my $ret = system($cmd);
sga-0.10.15/src/bin/sga-beetl-index.pl-147-    if($ret != 0)
##############################################
sga-0.10.15/src/bin/sga-call-variants.pl-71-# Write the version number to the log
sga-0.10.15/src/bin/sga-call-variants.pl:72:my $version_string = `$SGA_BIN --version | head -1`;
sga-0.10.15/src/bin/sga-call-variants.pl-73-print LOG "#Calling variants with: $version_string";
##############################################
sga-0.10.15/src/bin/sga-call-variants.pl-200-    print LOG "$cmd\n";
sga-0.10.15/src/bin/sga-call-variants.pl:201:    my $ret = system($cmd);
sga-0.10.15/src/bin/sga-call-variants.pl-202-    if($ret != 0) {
##############################################
sga-0.10.15/src/bin/sga-call-variants.pl-256-    while(my $program = shift) {
sga-0.10.15/src/bin/sga-call-variants.pl:257:        my $ret = system("/bin/bash -c \"hash $program\"");
sga-0.10.15/src/bin/sga-call-variants.pl-258-        if($ret != 0) {
##############################################
sga-0.10.15/src/bin/sga-rename.pl-27-    print $cmd . "\n";
sga-0.10.15/src/bin/sga-rename.pl:28:    system($cmd);
sga-0.10.15/src/bin/sga-rename.pl-29-}
##############################################
sga-0.10.15/src/bin/sga-bam2de.pl-98-    print "$c\n";
sga-0.10.15/src/bin/sga-bam2de.pl:99:    system($c);
sga-0.10.15/src/bin/sga-bam2de.pl-100-}
##############################################
sga-0.10.15/src/bin/sga-bam2de.pl-105-    while(my $program = shift) {
sga-0.10.15/src/bin/sga-bam2de.pl:106:        my $ret = system("/bin/bash -c \"hash $program\"");
sga-0.10.15/src/bin/sga-bam2de.pl-107-        if($ret != 0) {
##############################################
sga-0.10.15/src/examples/sga-human-NA12878.txt-38-# Preprocess the raw data, which is assumed to be an a directory called input/
sga-0.10.15/src/examples/sga-human-NA12878.txt:39:for i in `ls ../input/reads.*.fastq`; do F=`basename $i .fastq`; submit "sga preprocess -o $F.pp.fastq --pe-mode 2 $i"; done;
sga-0.10.15/src/examples/sga-human-NA12878.txt-40-
##############################################
sga-0.10.15/src/examples/sga-human-NA12878.txt-196-#
sga-0.10.15/src/examples/sga-human-NA12878.txt:197:for i in `ls *.fastq`; do F=`basename $i .fastq`; submit --cpu 8 --mem 12G "sga-align -t 8 --name $F final-contigs.fa $i"; done
sga-0.10.15/src/examples/sga-human-NA12878.txt-198-
##############################################
sga-0.10.15/src/configure.ac-78-AC_MSG_CHECKING(for host type)
sga-0.10.15/src/configure.ac:79:host="`uname -a | awk '{print $1}'`";
sga-0.10.15/src/configure.ac-80-if test "$host" = Darwin;then
##############################################
sga-0.10.15/.pc/0002-no-rpath.patch/src/configure.ac-78-AC_MSG_CHECKING(for host type)
sga-0.10.15/.pc/0002-no-rpath.patch/src/configure.ac:79:host="`uname -a | awk '{print $1}'`";
sga-0.10.15/.pc/0002-no-rpath.patch/src/configure.ac-80-if test "$host" = Darwin;then
##############################################
sga-0.10.15/.pc/0004-Add-help-to-sga-bam2de.pl.patch/src/bin/sga-bam2de.pl-90-    print "$c\n";
sga-0.10.15/.pc/0004-Add-help-to-sga-bam2de.pl.patch/src/bin/sga-bam2de.pl:91:    system($c);
sga-0.10.15/.pc/0004-Add-help-to-sga-bam2de.pl.patch/src/bin/sga-bam2de.pl-92-}
##############################################
sga-0.10.15/.pc/0004-Add-help-to-sga-bam2de.pl.patch/src/bin/sga-bam2de.pl-97-    while(my $program = shift) {
sga-0.10.15/.pc/0004-Add-help-to-sga-bam2de.pl.patch/src/bin/sga-bam2de.pl:98:        my $ret = system("/bin/bash -c \"hash $program\"");
sga-0.10.15/.pc/0004-Add-help-to-sga-bam2de.pl.patch/src/bin/sga-bam2de.pl-99-        if($ret != 0) {
##############################################
sga-0.10.15/.pc/no_enforcing_c++98.patch/src/configure.ac-78-AC_MSG_CHECKING(for host type)
sga-0.10.15/.pc/no_enforcing_c++98.patch/src/configure.ac:79:host="`uname -a | awk '{print $1}'`";
sga-0.10.15/.pc/no_enforcing_c++98.patch/src/configure.ac-80-if test "$host" = Darwin;then